如何将字符串列表写入文本(FASTA)文件？

Question

我目前正在编写一个程序，它接受许多不同的氨基酸序列(字符串)，用酶将它们切割，然后返回结果肽(许多更小的字符串)。

我已经编写了程序，它可以工作，尽管我在将输出写入文本文件时遇到了问题。

例如，输入应该是这样的：

‘’

输出应该是这样的：

肽1

‘'ABCDE’

肽2

‘'FGHIJKLMNOP’

肽3

‘'QRSTUVWXYZ’

我如何将其写入到文本(fasta)文件中，因为转换为字符串只是将它们捆绑在一起，而不是在新行上用肽编号和序列分隔它们？

string_peptides = str(all_peptides)                       
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
peptide_file.write(string_peptides)
peptide_file.close()

Answer 1

您可以先将名称连接到序列，然后输出由换行符连接的内容：

all_peptides = ['ABCDE','FGHIJKLMNOP','QRSTUVWXYZ']
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
out = '\n'.join(['>Peptide' + str(i+1) + "\n" + j for i,j in enumerate(all_peptides)])
peptide_file.write(out)
peptide_file.close()