R包:使用LAPACK而不是LINPACK

Question

我正在使用一个非常大的数据集(1.016亿个单元-替代品)来估计一个相当简单的McFadden选择模型。我可以使用asclogit命令在Stata中很好地估计这个模型，但是当我试图在R中使用mlogit包时，我会得到以下错误：

region1 <- mlogit(chosen ~ mean_log.wage + mean_log.rent + bornNear + Dim.1 + regionFE | 0,
                  shape= "long", chid.var = "chid", alt.var = "alternatives", data = ready)

Error in qr.default(na.omit(X)) : too large a matrix for LINPACK
Calls: mlogit ... model.matrix -> model.matrix.mFormula -> qr -> qr.default

如果我查看源代码 of qr.R，很明显，相对于2,147,483,647的LINPACK极限，设计矩阵中的元素数量太大了。但是，LAPACK不存在这样的限制(至少我可以判断)。

来自qr.R

qr.default <- function(x, tol = 1e-07, LAPACK = FALSE, ...)
{
    x <- as.matrix(x)
    if(is.complex(x))
        return(structure(.Internal(La_qr_cmplx(x)), class = "qr"))
    ## otherwise :
    if(LAPACK)
        return(structure(.Internal(La_qr(x)), useLAPACK = TRUE, class = "qr"))
    ## else "Linpack" case:
    p <- as.integer(ncol(x))
    if(is.na(p)) stop("invalid ncol(x)")
    n <- as.integer(nrow(x))
    if(is.na(n)) stop("invalid nrow(x)")
    if(1.0 * n * p > 2147483647) stop("too large a matrix for LINPACK")
    ...

qr()似乎是在mlogit的mFormula方法中调用的，在创建model.matrix时，并且可能在检查NAs中调用。但我无法判断是否有一种将LAPACK = TRUE传递给mlogit的方法，或者是否有一种跳过NA检查的方法。

我希望@YvesCroissant能看到这个。

正如我提到的，在Stata中，我可以很好地估计这个模型，所以这不是一个资源问题。但是，我的Stata许可证是不可移植的，这就是为什么我想使用R。

Answer 1

由于Julius的评论和关于R中名称空间的这个职位，我找到了答案。我在库语句之后添加了以下代码：

source("mymFormula.R")
tmpfun <- get("model.matrix.mFormula", envir = asNamespace("mlogit"))
environment(mymFormula) <- environment(tmpfun)
attributes(mymFormula) <- attributes(tmpfun)  # don't know if this is really needed
assignInNamespace("model.matrix.mFormula", mymFormula, ns="mlogit")

mymFormula.R是一个R脚本，我在该脚本中复制/粘贴了mlogit:::model.matrix.mFormula的内容，并在文件顶部的function调用之前添加了mymFormula <-。

我通过在mlogit:::model.matrix.mFormula中键入trace(mlogit:::model.matrix.mFormula, edit=TRUE)来查看RStudio的内容。(感谢这个答案就如何做到这一点提供帮助。)