为什么R不能访问生物导体存储库的索引

Question

当试图安装生物导体(用于安装phyloseq包)时，我会收到几条警告和错误消息

几天前我有了一个新的硬盘，所以我不得不重新安装所有的程序，包括R和我通常需要的所有软件包。在我试用生物导体之前一切都很顺利。

我使用的是之前为我编写的推荐代码: source('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite('phyloseq')

我得到的错误消息是：

采用生物导体3.7 (BiocInstaller 1.30.0)，R 3.6.0 (2019-04-26).安装路径不可写，无法更新包:群集，nlme更新包的“二分”警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6的索引： 无法打开URL 'https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

很明显有几个问题？

1. 某些包由于libpath错误和
2. R不能打开生物导体的主页

谢谢你的建议！

Answer 1

生物导体与R的特定版本有关，你试图在R (3.6)的版本上使用一个版本的生物导体(3.7)，这个版本与R(3.6)不匹配。版本之间有一个地图，但根本的问题是，您正在使用R-3.5库，希望它们能够在R-3.6中工作。你应该用一个R-3.6特定的安装来“重新开始”。此外，“BiocInstaller”已被BiocManager取代；您的“推荐代码”已过时，如包着陆页所示。

如果您想继续使用以前的库安装(请注意这是一条单向的街道--您正在放弃可用的R3.5安装)，请尝试删除所有版本的BiocVersion和BiocInstaller包。。

remove.packages(c("BiocVersion", "BiocInstaller")) # repeat 'till all removed

从新库开始，或删除BiocVersion / BiocInstaller的早期版本后，从CRAN安装BiocManager

install.packages("BiocManager")

去做你的事

BiocManager::install("phyloseq")

确保验证您的安装，这样您就不会混合来自不同生物导体版本的包

BiocManager::valid()

查看当前的包着陆页，例如，关于帕洛塞克或安装页面。