shelljs的执行被卡在DigitalOcean上

Question

我有一个React网络应用程序托管在DigitalOcean (Ubuntu 16.04)上。应用程序的后端(node)上有一个node脚本，由shelljs调用(shCMD命令调用R脚本)。它永远不会进入exec回调)：

exec_full_analysis = shell.exec(shCMD, function(code, stdout, stderr) {
 if (code === 0) {
      console.log('Program output:', stdout);

      pdfService.drawChartsPDF(typeArr, analysisId, datasetArr, pairArr, filterArr);

      console.log('sendStatus 200')

      res.sendStatus(200);
    } else {
      console.log('Program stderr:', stderr);
      //res.sendStatus(500);
    }
  });

我正在使用foreverjs启动服务器。它在conda环境中运行。因此，当脚本开始运行时，我看到了正确的日志输出(R脚本正在运行)，这是foreverjs提供给我的，但是日志输出很快就停止了。浏览器和forever日志输出都不存在错误。在我的R脚本中，服务器到达了一个特定的阶段，并且不知怎么地被卡住了。有没有办法搞清楚到底出了什么问题？你有什么推荐的？在当地一切都很好。唯一不同的地方可能是conda环境，但我希望它会产生错误，但是没有。

更新

我查看了/var/log/syslog，但没有发现OOM错误：https://www.digitalocean.com/community/questions/python-script-gets-killed

更新

这并不是foreverjs的问题:在R脚本中的同一位置运行简单的node server.js标记。

脚本被卡在Seurat包函数ScaleData中。

 seurat_object <- ScaleData(object = seurat_object, vars.to.regress = c("nUMI"))

具有以下输出：

ScaleData运行在非规范化值上。推荐的工作流是首先运行NormalizeData。回归: nUMI连体0%

但是，当然，在当地，它运行良好。在服务器上，它会被困在第二次for-loop迭代中，所以有一次它在服务器上运行得很好，但是第二次它失败了，好像在DigitalOcean上运行一个进程集的时间是有限的。

更新

服务器是apache2。我切换到了nginx，现在服务器运行正常，没有卡住，问题几乎解决了，只是现在我得到了504网关超时错误。

Answer 1

所以，我不知道为什么，但这是apache2服务器的问题。我切换到了nginx，但随后出现了内存错误RAM，通过减少R脚本使用的内存量修复了这些错误：

options(java.parameters = "-Xmx6000m")

是-Xmx8000m。然后，脚本在服务器上正确地完成了，但是在客户机上，我看到了504网关超时错误，这是我在这里找到的解决方案：https://asdqwe.net/blog/solutions-504-gateway-timeout-nginx/修复的。

刚在/etc/nginx/conf.d/timeout.conf创建了以下文件：

proxy_connect_timeout       3000;
proxy_send_timeout          3000;
proxy_read_timeout          3000;
send_timeout                3000;

从那以后，它终于开始工作了