R rect.hclust:树状图中的矩形过高

Question

我请了很多不同的专家根据它们的相似性对92个物体进行分类。基于他们的答案，我构造了一个92x92不同的矩阵。在R中，我使用以下命令检查了这个矩阵：

cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)

为了突出这些集群，我想在它们周围画长方形：

rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

结果如下：

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但是，当对象有更长的名称("AAAAAAAAAAAAAAAA43“而不是"A43")时，格式化就关闭了：

rownames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
colnames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)
rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

由此产生的树状图可以看出这一点。

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长方形似乎已经移动到树状图的末端。不太好。我想这个故障一定是由于不同矩阵中92个物体的长名字造成的。这似乎也不是很有意义。只需确保您的对象的名称足够短。

但是，由于不同的原因，我希望我的对象有它们的原始名称(i.e.admittedly long)。此图用于表示，因此我不想使用代码。我也不想使用任何其他的软件包，因为我通常觉得hclust相当容易使用。但是，我没有找到在rect.hclust命令中定位矩形的任何方法。因此，即使对象名称很长，如何将矩形定位到树状图中呢？谢谢。

Answer 1

你写道：“我也不想使用任何其他的软件包，因为我通常觉得hclust相当容易使用。”

虽然hclust很适合创建分层聚类对象，但它在绘图方面不支持太多。有了hclust输出之后，最好将其更改为树状图(使用as.dendrogram)以实现可视化(因为它更适合这种情况)。没有办法做你想做的事情，不使用复杂的代码，它被打包成一个包，这是你前进的最好的途径。(我知道，因为我写了rect.dendrogram，它让大量的工作按照你想要的方式工作)。

Dendex趋向R包允许许多函数来操作和可视化树状图(请参阅这里的守护神)。具体来说，rect.dendrogram函数可以处理您询问的情况(使用长标签)。例如(为了好玩，我添加了color_branches和color_labels )：

library(dendextend)
hc <- mtcars[, c("mpg", "disp")] %>% dist %>% hclust(method = "average") 
dend <- hc %>% as.dendrogram %>% hang.dendrogram
# let's make the text longer
labels(dend)[1] <- "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA"

par(mar = c(15,2,1,1))
dend %>% color_branches(k=3) %>% color_labels(k=3) %>% plot
dend %>% rect.dendrogram(k=3)

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