为linux安装biomaRt包(R版本3.5.2) ()

Question

我正在尝试安装Biomart软件包，我使用了以下代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我收到一个警告信息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

有人来帮忙吗？谢谢。

Answer 1

这里的问题是R需要编译其他R包：curl、openssl、XML、RCurl。为此，需要在Linux平台上安装一些开发库。

您经常可以猜到它们的名称是什么:如果R包"XXX“是一个问题，您需要apt-cache search来获取类似libXXX-dev的东西。名字通常也包括一个数字。因此，您可以尝试，例如，从命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

要搜索libcurl开发包，请执行以下操作。

然后您可以安装它们，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我认为你需要这样的东西：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试R包安装。注意任何错误消息，必要时安装更多的库，重复，直到它工作。

具有适当术语的Web搜索应该找到有关安装所需的系统依赖项的更多信息。