医学成像数据. .raw/mhd如何转换为Nifti/nii

Question

在Python或任何其他语言中是否有一种方法可以将. .raw/mhd图像数据转换为Nifti/nii？

我可以通过SimpleITK在python中加载. .raw/mhd文件，如下文所示：.raw format in python

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

我很难出口有合适尺寸的nii .在理想情况下使用原始mhd文件中的头信息..。

谢谢

Answer 1

您应该能够直接使用SimpleITK。你会做这样的事：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("input.mhd")
sitk.WriteImage(img, "output.nii")

如果您在python中没有SimpleITK，请按以下方式安装它：

pip安装SimpleITK

SimpleITK尽了最大的努力来保存所有的头信息，尽管它并不完美。希望体素尺寸能被保留下来。