使用rpy2将R包安装/导入到python中，导入/忽略有问题的包

Question

以下是我要做的事：

1. 我想使用离散Kolmogorov-Smirov拟合优度检验，它目前只在R.，R也有正常的KS检验。中提供--我不想使用这个测试。
2. 我是一个python用户，因此需要将离散的KS测试移植到python，以完成这个我试着用 rpy2。

所面临的问题，正如在更详细的统计细节这里中所详述的，是rpy2似乎用标准版本取代了导入的离散测试。我之所以知道这一点，是因为它在测试时不能给出正确的答案。

到目前为止，尝试了

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dgof"
utils.install_packages(package_name)

结果：

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTBas6a/downloaded_packages’
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library'

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ...
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  done

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
rpy2.rinterface.NULL

好吧，到目前为止还不错，应该已经安装好了。因此，让我们导入它：

# Import Discrete goodness-of-fit package which includes KS and CVM tests.
dgof = rpackages.importr('dgof')

真的是进口的吗？让我们看看：

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In addition: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Warning message:

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In (function (x, y, ..., alternative = c("two.sided", "less", "greater"),  :
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  cannot compute correct p-values with ties

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

好吧，这很奇怪，但也许它还是有效的，让我们看看(这与R端使用的例子完全相同，应该返回D = 0.66667, p-value = 0.07407)：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np
a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
dgof.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

如果这对你没有任何意义，那就好了，你需要知道的是，这是错误的。这似乎是错误的，因为标准的ks_test正在被加载，而不是离散的(我们在上面列表的第2项中提到的那个)。让我们通过加载标准库和KS测试来验证：

from rpy2.robjects.packages import importr
base     = importr('base')
stats    = importr('stats')
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np

a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
stats.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

所以这很酷--有人知道为什么会发生这种事吗？

注意： 这个问题与我的另一个问题有关。，但是在python方面有更多的细节。

Answer 1

真的是进口的吗？让我们看看： env =r.wherefrom(“dgof”) 返回 /home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error:对象“dgof”未找到

RRuntimeWarning来自R本身，也是人们所期望的。没有对象dgof，因为R名称空间不是对象。

您想要的可能是wherefrom('ks.test') (参见rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is-coming-from)。

这里可以发生许多事情，这取决于包'dgof‘正在做什么(如果您来自Python，R可以让包开发人员做非常奇怪的事情)。

你试过依赖R的调度和功能重载机制吗？加载R包dgof后，调用ks.test而不指定命名空间。

dgof = rpackages.importr('dgof')
import rpy2.robjects
# "generic" function ks.test
ks_test = rpy2.robjects.r('ks.test')
# Use it
ks_test(a, b)