RDA可视化-根据RDA1绘制的物种丰富度

Question

我抽样调查了87块地块，共鉴定出9种蚯蚓。我的目的是调查物种丰富度和丰富度在我的地点(在87个样地取样)，这是已知的污染(主要受Cu，Zn和Pb，但我也考虑了2种综合测量土壤环境提取的PCA)。

为此，我执行了RDA (物种数据被hellinger转换)：

rda(formula = species.hel ~ Cu + Zn + Pb + PCA_axis1 + PCA_axis2, data = env)

模型具有显着性，我所研究的污染物对物种群落有一定的影响，解释变量的方差达到37%。到目前为止，一切都还好，除了现在，我想画出单个物种的丰度随RDA1的变化情况，例如在Oksanen在线课程(http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/ordination101.html#33)中：

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如果我对RDA进展的理解是正确的，我应该从RDA对象中提取(非线性)物种对环境变量的响应，并为每个物种建立一个模型。但是，在RDA的摘要对象中，我无法确定要提取哪些数据。你们中的任何一个人都有一个建议，我将非常感激。

Answer 1

该讲座的源代码可在github上查阅。只需查找生成上面显示的图形的代码块，并使用模型将cca()更改为rda并运行代码即可。但是，最终的响应是线性的(您对非线性响应的期望是不标准的)。