通过Rscript和nohup运行glmnet时出错

Question

在用R中的glmnet包创建预测模型时，我观察到了这里提到的相同的错误和here。但是，建议的重新安装glmnet包的解决方案并没有解决我的问题。

my_glmnet_script.R**:** 最小工作示例

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

# load libraries
library(methods)
library(glmnet)
library(doParallel)

# create toy model
n = 100 
p = 250 
x = matrix(rnorm(n*p), n, p)
y = matrix(rnorm(n), n, 1)

# number of parallel cores to use
ncores = 4 
registerDoParallel(ncores)

# print this before glmnet throws error
print(sessionInfo())

# fit model
my.glmnet = cv.glmnet(x=x, y=y, grouped=FALSE, parallel=TRUE, nfolds=n)
cat("end script.\n")

我的命令：

nohup Rscript my_glmnet_script.R > nohup.out 2> nohup.err &

nohup.out**:** 输出文件

R版本3.4.3 (2017-11-30)平台: x86_64-redhat- Linux -gnu (64位)，运行在: CentOS Linux 7(核心)矩阵产品:默认BLAS/LAPACK: /usr/lib 64/R/lib/libRblas.so地区:1 LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C 3 LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_usr.usr 8 LC_LC=en_us.utf-8LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 7 LC_ utils =en_LC.2.0 8 LC_NAME=C 9 LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C 11 LC_测=en_us.utf-8 LC_IDENTIFICATION=C附加基包:1种并行方法_1.4.3 5矩阵_1.2-12通过命名空间加载(未附加)：1 compiler_3.4.3码工具_0.2-15 grid_3.4.3格_0.20-35

nohup.err**:** 错误文件

nohup:忽略输入加载所需的包:矩阵加载所需的包: foreach加载的glmnet 2.0-16所需的包:迭代器加载所需的包：.Fortran中的并行错误( "get_int_parms“，fdev = double(1)，eps = double(1)，：.Fortran()对" glmnet”调用不可用的“get_int_parms”：cv.glmnet -> glmnet -> glmnet.control -> .Fortran，暂停执行

来自Rscript --version的输出

R脚本前端版本3.3.3 (2017-03-06)

令人困惑的是，下面的命令工作得很好：

Rscript my_glmnet_script.R

如果我从R内调用source("my_glmnet_script.R")，它也可以正常运行。

为什么nohup对glmnet和Rscript表现不好？有一个R包，我可以加载，以使这一工作？

Answer 1

事实证明，nohup可能不是问题所在。

根据我的问题，来自nohup的R版本是Rv3.4.3，而Rscript --version则返回Rv3.3.3。这是因为在使用系统范围的R (v3.4.3)之前，我的$PATH指向我的个人R (v3.3.3)。

为什么全系统的R会被呼叫？答案在于脚本散列：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

也就是说，调用/usr/bin/env Rscript --version收益率

R脚本前端版本3.4.3 (2017-11-30)

系统范围的R在我的个人库(v3.3.3)中查找glmnet，这是.libPaths()的第一个条目，从来没有为3.4.3编译过：

/usr/bin/Rscript -e ".libPaths(.libPaths()[2:3]); library('glmnet')"

库中的错误(“glmnet”)：没有名为“glmnet”的包

故事的寓意:当服务器上安装了多个R版本时，保持组织性！