如何在图像的时间序列中找到掩码中的图像元素？

Question

我的R脚本加载了一个4维数据集，这是一个三维医学图像的时间序列。我使用时间序列创建一个掩码，用于排除在每个时间点值为0的体素(三维像素)：

voxels[is.na(voxels)]=0;             # just get rid of unusable data
mask=rowSums(voxels,dims=3);         # 3D image that is the sum over time
mask=(mask!=0);                      # make binary

因此，要在掩码内的索引中找到每个时间点的值，我想要这样做：

indices=which(mask!=0);              # find the positions of nonzeroes in the mask
voxelsfound=voxels[indices];         # find the values in the images at those positions

但这给了

 > length(indices)
 [1] 20483
 > length(voxelsfound)
 [1] 20483

所以只有第一个时间点的结果。是否有类似的方法来表示这一点，以使它也返回其他时间点(我的想法是voxelsfound=voxels[indices,]，但这不起作用)，还是只能使用for循环或类似的方法？

在Python中，我会这样做(使用m表示mask，使用v表示voxels)，使用nonzero函数立即访问索引：

m = m.reshape(np.prod(m.shape));    
v = v.reshape(np.prod(m.shape),v.shape[3]);
v = v[:,np.nonzero(m)].squeeze(); 

Answer 1

我相信你要找的是：

mask <- which(rowSums(voxels, dims=3) != 0, arr.ind=T)
apply(voxels, 4, `[`, mask)