如何安装指定版本的生物导体封装？

Question

目前版本的软件包，我想使用的是失败的生物导体。然而，旧版本曾经起作用。

我想知道如何安装特定版本的生物导体封装？

提前谢谢。

在我的例子中，包被称为biomaRt，失败的版本是2.34.2，而2.34.0是成功的。

重要更新：2022年，我强烈鼓励您改用企业中使用的编程语言。与R不同的是，企业中使用的软件确实有非功能性的需求，允许在现实生活中使用它们。例如，查看Instagram/Twitter/Dropbox/Reddit后端服务中使用的技术，以及他们选择这些技术的动机。这已经是一个好的开始。

Answer 1

生物导体将包档案存储在这里：https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/

1)找到并下载要安装的版本。

2)按照EugèInstall在评论中的建议，使用R安装yourpackage_version_x.y.z.tar.gz安装它。

如果无法在Bio导体存档中找到特定版本，则尝试在包的github存储库中找到它。

Answer 2

我想要的DESeq2包的版本是1.24，位于生物导体版本3.9中。目前的生物导体版本为3.10，DESeq2版本为1.26。

因此，执行BiocManager::install("DESeq2")将产生1.26版本。为了获得我想要的版本，我必须安装与生物导体版本3.9兼容的软件包

BiocManager::install(version = "3.9")

然后

BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")

这是我的sessionInfo()的一部分。请注意DESeq2的正确版本。

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=sl_SI.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=sl_SI.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] data.table_1.13.2           DESeq2_1.24.0               SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0        
 [5] BiocParallel_1.18.1         matrixStats_0.57.0          Biobase_2.44.0              GenomicRanges_1.36.1       
 [9] GenomeInfoDb_1.20.0         IRanges_2.18.3              S4Vectors_0.22.1            BiocGenerics_0.30.0

Answer 3

尝试将repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed")选项添加到install.packages调用中，以安装以前版本中的生物导体包。不建议从tar.gz存档中安装特定版本，因为在生物导体安装中可能会出现相互不兼容的包。