两个名称不一致的变量作为Snakemake规则的输入

Question

如果命名不一致，并且它们都在同一个文件夹中，那么如何将输入数据对成对，以获取snakemake中的规则？例如，如果我想使用每对样本作为每条规则的输入：

• PT1 T5
• S6 T7
• S1 T20

在本例中，我希望有3对PT1 & T5、S6 & T7、S1 & T20，所以首先，我想创建3个文件夹：

• PT1vsT5
• S6vsT7
• S1vsT20

然后用manta进行分析，并相应地将结果输出到这3个文件夹中。

在下面的管道中，我希望生殖线样本成为每一行中的第一个元素(PT1、S6、S1)和肿瘤第二个元素(T5、T7、T20)。

rule all:
 input:
      expand("/{samples_g}vs{samples_t}", samples_g = GERMLINE, samples_t = TUMOR),
      expand("/{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py", samples_g = GERMLINE, samples_t = TUMOR),

# Create folders
rule folders:
  output: "./{samples_g}vs{samples_t}"
  shell: "mkdir {output}"

# Manta configuration
rule manta_config:  
  input:
       g = BAMPATH + "/{samples_g}.bam",
       t = BAMPATH + "/{samples_t}.bam"
  output:
       wf = "{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py"
  params:
       ref = IND,
       out_dir = "{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py"
  shell:
       "python configManta.py --normalBam {input.g} --tumorBam {input.t} --referenceFasta {params.ref} --runDir {params.out_dir} "

我可以使用包含对的.txt作为输入，然后使用循环吗？如果是这样的话，我该怎么做呢？否则怎么做呢？

Answer 1

您可以使用任何适当的python代码“手动”生成输入或输出文件列表。例如，您可以按照以下步骤生成第一个输入列表：

In [1]: GERMLINE = ("PT1", "S6", "S1")

In [2]: TUMOR = ("T5", "T7", "T20")

In [3]: ["/{}vs{}".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)]
Out[3]: ['/PT1vsT5', '/S6vsT7', '/S1vsT20']

因此，这将适用于以下方面：

rule all:
    input:
        ["/{}vs{}".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)],
        ["/{}vs{}/runWorkflow.py".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)],

(请注意，我将sample_g和sample_t放在单数形式中，因为在这种情况下，这些变量代表单个示例名，而不是几个示例的列表，这听起来更符合逻辑)