Niftynet: error:参数--axcode:预期字符串列表

Question

我刚刚开始探索NiftyNet，我认为这将对我的项目有所帮助。

我正在尝试训练一个使用segmentation_application进行分割的网络。但是，我构建了自己的config.ini文件，在运行net_run.py时收到了错误：

错误:参数

我正在按照配置文件要求设置axcodes=A,R,S。我还尝试了不同的字符串列表('A'，'R'，'S'；A，R，S；(A，R，S)；.

我的config.ini文件声明：

[T2]
csv_file = /home/jose/niftynet/data/uNet/test_data/data_file.csv
spatial_window_size = (257,257,30)
pixdim = (1.0, 1.0, 1.0)
axcodes= A,R,S
interp_order = 1

我做错了什么？

Answer 1

您可能已经尝试过只返回字母'A‘、'R’和'S‘的axcodes=['A', 'R', 'S']，并且可能触发错误，因为程序在每个字符串中查找另一种类型的信息。因此，我认为您正在寻找A = str(A)，它以正确的方式使用变量，即将'variable value A转换为"string“。

在A，R，S的情况下，其中一个变量可能是整数。尝试：

A = str(A)
R = str(R)
S = str(S)

axcodes = [A, R, S]

在“A”、“R”、“S”的情况下，指的是元组列表中的字符串，而不是列表列表中的字符串。

如果是(A，R，S)，你指的是元组列表之外的变量.

另外，：尝试使用print "Variable "%s" is type %s" % (A, type(A))并查看类型的变量"A“是什么。

编辑1

尝试如下(文件:根文件夹“。包括在内；置于括号和interp_order增加到默认值)

csv_file = ./home/jose/niftynet/data/uNet/test_data/data_file.csv
spatial_window_size = (257,257,30)
pixdim = (1.0, 1.0, 1.0)
axcodes= (A,R,S)
interp_order = 3

编辑2

根据文档这里，应该是axcodes=('A', 'R', 'S')，但是您说您尝试过了。也许字母的顺序是关键。

Answer 2

问题在config.ini文件的其余部分。

在[parcellation]部分，我还有另一个axcodes=''给出了错误。