如何在slotname @data中从seuratobject中筛选基因？

Question

我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析，我试图从插槽名'data‘中删除seuratobject (s4类)中的几个基因。这个对象中还有几个插槽，它们存储与插槽‘数据’相关联的信息。插槽‘数据’在行中有基因名，在列中有单元ID，其基因的表达值对应于矩阵中的每个单元。我希望根据唯一的基因名称删除整行，但在对象中保留结果。

示例：

       Cell1 Cell2 Cell3  
GeneA2    5    9    2     
GeneA     3    1    0  
GeneA1    2    1    3  

我要删除矩阵中的行GeneA。

我试过以下几点，但都有错误：-

object<-SubsetRow(object@data, "GeneA", invert = TRUE)

和

GeneA<-grep(pattern = "^GeneA$", x = rownames(x = object@data), value = TRUE)
object@data<- object@data[!GeneA,]

Answer 1

让我们假设您使用的是与装载了Seurat包的os的pbmc_small数据对象类似的东西。查看?SubsetRow帮助页面上的示例：

# Installing the package:Seurat does install quite a few additonal packages
library(Seurat)
cd_genes <- SubsetRow(data = pbmc_small@raw.data, code = 'CD')
str(cd_genes)
#=================
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:209] 0 5 6 9 5 8 9 10 15 5 ...
  ..@ j       : int [1:209] 0 0 0 0 1 1 1 1 1 2 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 16 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:16] "CD79B" "CD79A" "CD19" "CD180" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:209] 1 4 1 2 4 2 2 1 1 4 ...
  ..@ factors : list()
 #===========
rownames(x = cd_genes@data)

行名中的错误(x= cd_genes@data)：没有"dgTMatrix“类对象的名称”数据“槽

因此，该对象中没有@数据槽。

相反，只需在cd_genes上使用行名：

rownames(x = cd_genes)
 [1] "CD79B"   "CD79A"   "CD19"    "CD180"   "CD200"   "CD3D"    "CD2"     "CCDC104" "CD3E"   
[10] "CD7"     "CD8A"    "CD14"    "CD1C"    "CD68"    "CD9"     "CD247"  

因此，这将从该对象中移除名称"CD200“：

> object<-SubsetRow(pbmc_small@raw.data, code="^CD200$", invert = TRUE)
> str(object)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:4453] 1 5 8 11 22 29 32 33 35 37 ...
  ..@ j       : int [1:4453] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 229 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:229] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:4453] 1 1 3 1 1 4 1 5 1 1 ...
  ..@ factors : list()
> "CD200" %in% rownames(object)
[1] FALSE
> "CD200" %in% rownames(pbmc_small@raw.data)
[1] TRUE

data-named在Seurat-objects中有一个插槽，但是一旦提取了它，该对象中就不再有data-slot：

slotNames(pbmc_small)
 [1] "raw.data"     "data"         "scale.data"   "var.genes"    "is.expr"      "ident"       
 [7] "meta.data"    "project.name" "dr"           "assay"        "hvg.info"     "imputed"     
[13] "cell.names"   "cluster.tree" "snn"          "calc.params"  "kmeans"       "spatial"     
[19] "misc"         "version"  

 slotNames(pbmc_small@data)
[1] "i"        "p"        "Dim"      "Dimnames" "x"        "factors" 

基于评论，似乎沟通的问题是不完整的。如果问题是如何修改现有的槽值，那么只需使用@<-，如下所示：

pbmc_small2 <- pbmc_small
pbmc_small2@data <- SubsetRow(data = pbmc_small@data, code = 'CD')

不过，我不确定它是否安全。@data插槽的尺寸现在与@raw.data插槽的尺寸不同，其他特性可能不匹配，尽管我对这个结构还不太了解。使用S4对象的安全方法是依赖包创建者提供的函数，而不是像插槽这样低级的东西。很明显，他们希望你能够从稀疏矩阵中得到子集，但是他们是否希望你把它们分配回插槽还不太清楚。

Answer 2

试试下面的命令？

keep= c(!rownames(object) %in% c("GeneA")) object <- subset(x = object,features =c(1:(dim(object)[1]))[keep])