在Monocle中设置单元格数据集

Question

如果有人有在R中使用单体包的经验：

我正在尝试基于样本名向量来子集我的数据，但我无法做到。

我试过：

x@phenoData$sampleNames <- example.cells

但是我发现了一个错误：

替换有661行，数据有5809行。

我试图子集的对象是一个由importCDS函数从Seurat对象创建的单元格数据集( created )。

我还为每个称为"CellType“的样例分配了一个单元类型，它是Seurat对象的meta.data的一部分，在转换成CDS后被列在phenoData的varLabels槽下面。

我想根据这两个变量中的任何一个进行帮助，谢谢。

Answer 1

根据单片教程，使用此代码过滤了低质量的单元(HSSM是monocle对象)：

valid_cells <- row.names(subset(pData(HSMM),
            Cells.in.Well == 1 &
            Control == FALSE &
            Clump == FALSE &
            Debris == FALSE &
            Mapped.Fragments > 1000000))
HSMM <- HSMM[,valid_cells]

因此，对于您的例子，这应该是有效的：

x = x[,example.cells]

或(直接来自Seurat)：

x = x[,rownames(data.seurat@meta.data[data.seurat@meta.data$CellType == "interesting_cell",])]

Answer 2

这一点：x@phenoData$sampleNames <- example.cells正在向表示示例处理的dataframe中添加新的数据，而不是子设置。

尝试使用x@phenoData$sampleNames %in% example.cells检索布尔向量(True，False)，并使用以下方法进行筛选：

x@phenoData[x@phenoData$sampleNames %in% example.cells,]

一个小的编辑，这可能会搞乱你的CDS数据结构，所以要小心。最好在生成CDS之前进行过滤，或者从旧数据生成新CDS。