mRNA/DNA转化蛋白

Question

我试图制作的代码是关于将包含核苷酸(U、T、C、G或A)的FASTA文件从DNA或mRNA翻译成氨基酸。它进行得很好，但是当我运行我的程序时，它报告了一些我不明白的错误，即使我试图修复它，它就是不起作用。你们能给我一些建议吗？我寻找了一些可能的解决方案，但这对我来说太难理解了。

我的代码

#!/bin/usr/env python3  

import sys


codontable = {
'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'Stop', 'TAG':'Stop',
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'Stop', 'TGG':'W',
'AUA':'I', 'AUC':'I', 'AUU':'I', 'AUG':'M',
'ACU':'U', 'AAU':'N', 'AGU':'S', 'CUA':'L',
'CUG':'L', 'CUG':'L', 'CUU':'L', 'CCU':'P',
'CAU':'H', 'CGU':'R', 'GUA':'V', 'GUC':'V',
'GUG':'V', 'GUU':'V', 'GCU':'A', 'GAU':'D',
'GGU':'G', 'UCA':'S', 'UCC':'S', 'UCG':'S',
'UCU':'S', 'UUC':'F', 'UUU':'F', 'UUA':'L',
'UUG':'L', 'UAC':'Y', 'UAU':'Y', 'UAA':'Stop',
'UAG':'Stop', 'UGC':'C', 'UGU':'C', 'UGA':'Stop',
'UGG':'W'}


def divideintriplets(startwhere, moveover = 3):
    startwhere = int(startwhere)
    moveover = int(moveover)
    readwhere = startwhere + moveover
    triplet = sequence[startwhere:readwhere]
    amino = codontable[triplet]
    lentriplet = len(triplet)
    if lentriplet == 3:
        return amino
    else:
        return None

list_trans_nucl = []
filenames = sys.argv[1:]
startwhere = input('n\Where to start with counting? Choose one; \n1: Start counting at the first nucleotide. \n2: Start counting at the second nucleotide. \n3: Start counting at the third nucleotide. \n')
for file in filenames:
    count = 0
    contains_aminoacid = False
    inputfile = open(file)
    for line in inputfile:
           if not line.startswith('>'):
               sequence = line.strip("")
               count += len(sequence)
               trans_nucl = divideintriplets(startwhere)
               list_trans_nucl.append(trans_nucl)
               for element in sequence:
                   if element not in ['A', 'T', 'C', 'G', 'U']:
                      contains_aminoacid = True
               if contains_aminoacid is False:
                   print(list_trans_nucl)
                   print("This file contains ", count, "nucleotides")

我的命令提示符说错了什么，

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Desktop\CCR5\DNA_mRNA_translator.py", line 61, in <module>
trans_nucl = divideintriplets(startwhere)
  File "C:\Users\Desktop\CCR5\DNA_mRNA_translator.py", line 41, in divideintriplets
amino = codontable[triplet]
KeyError: ''

​

>gi|255652911:5001-11065 | Homo sapiens chemokine (C-C motif) receptor 5 (gene/pseudogene) (CCR5), RefSeqGene on chromosome 3
CTTCAGATAGATTATATCTGGAGTGAAGAATCCTGCCACCTATGTATCTGGCATAGTGTGAGTCCTCATA
AATGCTTACTGGTTTGAAGGGCAACAAAATAGTGAACAGAGTGAAAATCCCCACTAAGATCCTGGGTCCA
GAAAAAGATGGGAAACCTGTTTAGCTCACCCGTGAGCCCATAGTTAAAACTCTTTAGACAACAGGTTGTT
TCCGTTTACAGAGAACAATAATATTGGGTGGTGAGCATCTGTGTGGGGGTTGGGGTGGGATAGGGGATAC
GGGGAGAGTGGAGAAAAAGGGGACACAGGGTTAATGTGAAGTCCAGGATCCCCCTCTACATTTAAAGTTG
GTTTAAGTTGGCTTTAATTAATAGCAACTCTTAAGATAATCAGAATTTTCTTAACCTTTTAGCCTTACTG
TTGAAAAGCCCTGTGATCTTGTACAAATCATTTGCTTCTTGGATAGTAATTTCTTTTACTAAAATGTGGG
CTTTTGACTAGATGAATGTAAATGTTCTTCTAGCTCTGATATCCTTTATTCTTTATATTTTCTAACAGAT
TCTGTGTAGTGGGATGAGCAGAGAACAAAAACAAAATAATCCAGTGAGAAAAGCCCGTAAATAAACCTTC
AGACCAGAGATCTATTCTCTAGCTTATTTTAAGCTCAACTTAAAAAGAAGAACTGTTCTCTGATTCTTTT
CGCCTTCAATACACTTAATGATTTAACTCCACCCTCCTTCAAAAGAAACAGCATTTCCTACTTTTATACT
GTCTATATGATTGATTTGCACAGCTCATCTGGCCAGAAGAGCTGAGACATCCGTTCCCCTACAAGAAACT
CTCCCCGGTAAGTAACCTCTCAGCTGCTTGGCCTGTTAGTTAGCTTCTGAGATGAGTAAAAGACTTTACA
GGAAACCCATAGAAGACATTTGGCAAACACCAAGTGCTCATACAATTATCTTAAAATATAATCTTTAAGA
TAAGGAAAGGGTCACAGTTTGGAATGAGTTTCAGACGGTTATAACATCAAAGATACAAAACATGATTGTG
AGTGAAAGACTTTAAAGGGAGCAATAGTATTTTAATAACTAACAATCCTTACCTCTCAAAAGAAAGATTT
GCAGAGAGATGAGTCTTAGCTGAAATCTTGAAATCTTATCTTCTGCTAAGGAGAACTAAACCCTCTCCAG
TGAGATGCCTTCTGAATATGTGCCCACAAGAAGTTGTGTCTAAGTCTGGTTCTCTTTTTTCTTTTTCCTC
CAGACAAGAGGGAAGCCTAAAAATGGTCAAAATTAATATTAAATTACAAACGCCAAATAAAATTTTCCTC
TAATATATCAGTTTCATGGCACAGTTAGTATATAATTCTTTATGGTTCAAAATTAAAAATGAGCTTTTCT
AGGGGCTTCTCTCAGCTGCCTAGTCTAAGGTGCAGGGAGTTTGAGACTCACAGGGTTTAATAAGAGAAAA
TTCTCAGCTAGAGCAGCTGAACTTAAATAGACTAGGCAAGACAGCTGGTTATAAGACTAAACTACCCAGA
ATGCATGACATTCATCTGTGGTGGCAGACGAAACATTTTTTATTATATTATTTCTTGGGTATGTATGACA
ACTCTTAATTGTGGCAACTCAGAAACTACAAACACAAACTTCACAGAAAATGTGAGGATTTTACAATTGG
CTGTTGTCATCTATGACCTTCCCTGGGACTTGGGCACCCGGCCATTTCACTCTGACTACATCATGTCACC
AAACATCTGATGGTCTTGCCTTTTAATTCTCTTTTCGAGGACTGAGAGGGAGGGTAGCATGGTAGTTAAG
AGTGCAGGCTTCCCGCATTCAAAATCGGTTGCTTACTAGCTGTGTGGCTTTGAGCAAGTTACTCACCCTC
TCTGTGCTTCAAGGTCCTTGTCTGCAAAATGTGAAAAATATTTCCTGCCTCATAAGGTTGCCCTAAGGAT
TAAATGAATGAATGGGTATGATGCTTAGAACAGTGATTGGCATCCAGTATGTGCCCTCGAGGCCTCTTAA
TTATTACTGGCTTGCTCATAGTGCATGTTCTTTGTGGGCTAACTCTAGCGTCAATAAAAATGTTAAGACT
GAGTTGCAGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCATTCTAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCG
CTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGTGATCTTGTATCTATAAAAATAAACAAAA
TTAGCTTGGTGTGGTGGCGCCTGTAGTCCCCAGCCACTTGGAGGGGTGAGGTGAGAGGATTGCTTGAGCC
CGGGATGGTCCAGGCTGCAGTGAGCCATGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACC
CTGTCTCACAACAACAACAACAACAACAAAAAGGCTGAGCTGCACCATGCTTGACCCAGTTTCTTAAAAT
TGTTGTCAAAGCTTCATTCACTCCATGGTGCTATAGAGCACAAGATTTTATTTGGTGAGATGGTGCTTTC
ATGAATTCCCCCAACAGAGCCAAGCTCTCCATCTAGTGGACAGGGAAGCTAGCAGCAAACCTTCCCTTCA
CTACAAAACTTCATTGCTTGGCCAAAAAGAGAGTTAATTCAATGTAGACATCTATGTAGGCAATTAAAAA
CCTATTGATGTATAAAACAGTTTGCATTCATGGAGGGCAACTAAATACATTCTAGGACTTTATAAAAGAT
CACTTTTTATTTATGCACAGGGTGGAACAAGATGGATTATCAAGTGTCAAGTCCAATCTATGACATCAAT
TATTATACATCGGAGCCCTGCCAAAAAATCAATGTGAAGCAAATCGCAGCCCGCCTCCTGCCTCCGCTCT
ACTCACTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTGGTCATCCTCATCCTGATAAACTGCAAAAG
GCTGAAGAGCATGACTGACATCTACCTGCTCAACCTGGCCATCTCTGACCTGTTTTTCCTTCTTACTGTC
CCCTTCTGGGCTCACTATGCTGCCGCCCAGTGGGACTTTGGAAATACAATGTGTCAACTCTTGACAGGGC
TCTATTTTATAGGCTTCTTCTCTGGAATCTTCTTCATCATCCTCCTGACAATCGATAGGTACCTGGCTGT
CGTCCATGCTGTGTTTGCTTTAAAAGCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTGATCACTTGG
GTGGTGGCTGTGTTTGCGTCTCTCCCAGGAATCATCTTTACCAGATCTCAAAAAGAAGGTCTTCATTACA
CCTGCAGCTCTCATTTTCCATACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAGACATTAAAGATAGTCAT
CTTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTTGTCATGGTCATCTGCTACTCGGGAATCCTAAAAACTCTGCTTCGG
TGTCGAAATGAGAAGAAGAGGCACAGGGCTGTGAGGCTTATCTTCACCATCATGATTGTTTATTTTCTCT
TCTGGGCTCCCTACAACATTGTCCTTCTCCTGAACACCTTCCAGGAATTCTTTGGCCTGAATAATTGCAG
TAGCTCTAACAGGTTGGACCAAGCTATGCAGGTGACAGAGACTCTTGGGATGACGCACTGCTGCATCAAC
CCCATCATCTATGCCTTTGTCGGGGAGAAGTTCAGAAACTACCTCTTAGTCTTCTTCCAAAAGCACATTG
CCAAACGCTTCTGCAAATGCTGTTCTATTTTCCAGCAAGAGGCTCCCGAGCGAGCAAGCTCAGTTTACAC
CCGATCCACTGGGGAGCAGGAAATATCTGTGGGCTTGTGACACGGACTCAAGTGGGCTGGTGACCCAGTC
AGAGTTGTGCACATGGCTTAGTTTTCATACACAGCCTGGGCTGGGGGTGGGGTGGGAGAGGTCTTTTTTA
AAAGGAAGTTACTGTTATAGAGGGTCTAAGATTCATCCATTTATTTGGCATCTGTTTAAAGTAGATTAGA
TCTTTTAAGCCCATCAATTATAGAAAGCCAAATCAAAATATGTTGATGAAAAATAGCAACCTTTTTATCT
CCCCTTCACATGCATCAAGTTATTGACAAACTCTCCCTTCACTCCGAAAGTTCCTTATGTATATTTAAAA
GAAAGCCTCAGAGAATTGCTGATTCTTGAGTTTAGTGATCTGAACAGAAATACCAAAATTATTTCAGAAA
TGTACAACTTTTTACCTAGTACAAGGCAACATATAGGTTGTAAATGTGTTTAAAACAGGTCTTTGTCTTG
CTATGGGGAGAAAAGACATGAATATGATTAGTAAAGAAATGACACTTTTCATGTGTGATTTCCCCTCCAA
GGTATGGTTAATAAGTTTCACTGACTTAGAACCAGGCGAGAGACTTGTGGCCTGGGAGAGCTGGGGAAGC
TTCTTAAATGAGAAGGAATTTGAGTTGGATCATCTATTGCTGGCAAAGACAGAAGCCTCACTGCAAGCAC
TGCATGGGCAAGCTTGGCTGTAGAAGGAGACAGAGCTGGTTGGGAAGACATGGGGAGGAAGGACAAGGCT
AGATCATGAAGAACCTTGACGGCATTGCTCCGTCTAAGTCATGAGCTGAGCAGGGAGATCCTGGTTGGTG
TTGCAGAAGGTTTACTCTGTGGCCAAAGGAGGGTCAGGAAGGATGAGCATTTAGGGCAAGGAGACCACCA
ACAGCCCTCAGGTCAGGGTGAGGATGGCCTCTGCTAAGCTCAAGGCGTGAGGATGGGAAGGAGGGAGGTA
TTCGTAAGGATGGGAAGGAGGGAGGTATTCGTGCAGCATATGAGGATGCAGAGTCAGCAGAACTGGGGTG
GATTTGGGTTGGAAGTGAGGGTCAGAGAGGAGTCAGAGAGAATCCCTAGTCTTCAAGCAGATTGGAGAAA
CCCTTGAAAAGACATCAAGCACAGAAGGAGGAGGAGGAGGTTTAGGTCAAGAAGAAGATGGATTGGTGTA
AAAGGATGGGTCTGGTTTGCAGAGCTTGAACACAGTCTCACCCAGACTCCAGGCTGTCTTTCACTGAATG
CTTCTGACTTCATAGATTTCCTTCCCATCCCAGCTGAAATACTGAGGGGTCTCCAGGAGGAGACTAGATT
TATGAATACACGAGGTATGAGGTCTAGGAACATACTTCAGCTCACACATGAGATCTAGGTGAGGATTGAT
TACCTAGTAGTCATTTCATGGGTTGTTGGGAGGATTCTATGAGGCAACCACAGGCAGCATTTAGCACATA
CTACACATTCAATAAGCATCAAACTCTTAGTTACTCATTCAGGGATAGCACTGAGCAAAGCATTGAGCAA
AGGGGTCCCATAGAGGTGAGGGAAGCCTGAAAAACTAAGATGCTGCCTGCCCAGTGCACACAAGTGTAGG
TATCATTTTCTGCATTTAACCGTCAATAGGCAAAGGGGGGAAGGGACATATTCATTTGGAAATAAGCTGC
CTTGAGCCTTAAAACCCACAAAAGTACAATTTACCAGCCTCCGTATTTCAGACTGAATGGGGGTGGGGGG
GGCGCCTTAGGTACTTATTCCAGATGCCTTCTCCAGACAAACCAGAAGCAACAGAAAAAATCGTCTCTCC
CTCCCTTTGAAATGAATATACCCCTTAGTGTTTGGGTATATTCATTTCAAAGGGAGAGAGAGAGGTTTTT
TTCTGTTCTGTCTCATATGATTGTGCACATACTTGAGACTGTTTTGAATTTGGGGGATGGCTAAAACCAT
CATAGTACAGGTAAGGTGAGGGAATAGTAAGTGGTGAGAACTACTCAGGGAATGAAGGTGTCAGAATAAT
AAGAGGTGCTACTGACTTTCTCAGCCTCTGAATATGAACGGTGAGCATTGTGGCTGTCAGCAGGAAGCAA
CGAAGGGAAATGTCTTTCCTTTTGCTCTTAAGTTGTGGAGAGTGCAACAGTAGCATAGGACCCTACCCTC
TGGGCCAAGTCAAAGACATTCTGACATCTTAGTATTTGCATATTCTTATGTATGTGAAAGTTACAAATTG
CTTGAAAGAAAATATGCATCTAATAAAAAACACCTTCTAAAATAA

​

Answer 1

此代码存在一些问题：

( 1)这是禁止行动吗？

sequence = line.strip("")

我建议：

sequence = line.rstrip()

直到您有机会阅读strip()及其变体。

2)这个测试是在假设数据正常的代码之后进行的：

amino = codontable[triplet]
lentriplet = len(triplet)
if lentriplet == 3:

如果lentriplet不是3岁，你应该在codontable上查一下吗？

3)这个测试是在假设数据正常的代码之后进行的：

trans_nucl = divideintriplets(startwhere)
...
for element in sequence:
    if element not in ['A', 'T', 'C', 'G', 'U']:
        contains_aminoacid = True
    if contains_aminoacid is False:

如果这不是一个核苷酸序列，你为什么首先把它分成三胞胎？先测试，如果确定的话继续。而不是另一条路。

4)字典中定义了两次'CUG'序列。

5)如果调用方没有检查任何错误，则divideintriplets不应在错误时返回None：

trans_nucl = divideintriplets(startwhere)
list_trans_nucl.append(trans_nucl)

6)约翰·科尔曼提到的那种批评的“你似乎只是脱下了第一个三胞胎，把剩下的都扔掉了”。

7)对于每个文件，应该(重新)初始化像list_trans_nucl = []这样的其他东西，而不仅仅是一次。

我重做了你的代码，sans密码表：

import sys

codontable = {
...
}

def divideintriplets(sequence, startwhere, moveover=3):

    codons = []
    length = len(sequence)

    readwhere = startwhere + moveover

    while readwhere < length:

        triplet = sequence[startwhere:readwhere]

        assert len(triplet) == 3
        assert triplet in codontable

        codons.append(codontable[triplet])

        startwhere += moveover
        readwhere = startwhere + moveover

    return codons

filenames = sys.argv[1:]

startwhere = input('\nWhere to start with counting? Choose one; \n1: Start counting at the first nucleotide. \n2: Start counting at the second nucleotide. \n3: Start counting at the third nucleotide. \n')

for filename in filenames:
    list_trans_nucl = []
    count = 0
    contains_nuecleotides = True

    with open(filename) as inputfile:

        for line in inputfile:
            if not line.startswith('>'):
                sequence = line.rstrip()

                for element in sequence:
                    if element not in 'ATCGU':
                        contains_nuecleotides = False
                        break
                if not contains_nuecleotides:
                    break

                count += len(sequence)
                trans_nucl = divideintriplets(sequence, int(startwhere))
                list_trans_nucl.extend(trans_nucl)

        print(list_trans_nucl)
        print("File", filename, "contains", count, "nucleotides")

输出

% python3 test.py file0.fasta

Where to start with counting? Choose one; 
1: Start counting at the first nucleotide. 
2: Start counting at the second nucleotide. 
3: Start counting at the third nucleotide. 
1
/*
* 提示：该行代码过长，系统自动注释不进行高亮。一键复制会移除系统注释 
* ['F', 'R', 'Stop', 'I', 'I', 'S', 'G', 'V', 'K', 'N', 'P', 'A', 'T', 'Y', 'V', 'S', 'G', 'I', 'V', 'Stop', 'V', 'L', 'M', 'L', 'T', 'G', 'L', 'K', 'G', 'N', 'K', 'I', 'V', 'N', 'R', 'V', 'K', 'I', 'P', 'T', 'K', 'I', 'L', 'G', 'K', 'K', 'M', 'G', 'N', 'L', 'F', 'S', 'S', 'P', 'V', 'S', 'P', 'Stop', 'L', 'K', 'L', 'F', 'R', 'Q', 'Q', 'V', 'P', 'F', 'T', 'E', 'N', 'N', 'N', 'I', 'G', 'W', 'Stop', 'A', 'S', 'V', 'W', 'G', 'L', 'G', 'W', 'D', 'R', 'G', 'G', 'R', 'V', 'E', 'K', 'K', 'G', 'T', 'Q', 'G', 'Stop', 'C', 'E', 'V', 'Q', 'D', 'P', 'P', 'L', 'H', 'L', 'K', 'F', 'K', 'L', 'A', 'L', 'I', 'N', 'S', 'N', 'S', 'Stop', 'D', 'N', 'Q', 'N', 'F', 'L', 'N', 'L', 'L', 'A', 'L', 'Stop', 'K', 'A', 'L', 'Stop', 'S', 'C', 'T', 'N', 'H', 'L', 'L', 'L', 'G', 'Stop', 'Stop', 'F', 'L', 'L', 'L', 'K', 'C', 'F', 'Stop', 'L', 'D', 'E', 'C', 'K', 'C', 'S', 'S', 'S', 'S', 'D', 'I', 'L', 'Y', 'S', 'L', 'Y', 'F', 'L', 'T', 'L', 'C', 'S', 'G', 'M', 'S', 'R', 'E', 'Q', 'K', 'Q', 'N', 'N', 'P', 'V', 'R', 'K', 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*/
File file0.fasta contains 6065 nucleotides
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Answer 2

从我可以看到的问题是，键''不存在于初始变量codontable中。我猜你提供的输入文件有空键/s。