可视化现有R应用程序/包的协作网络结构

Question

我试图可视化一个关系数据结构的“合资企业”(即公司与他人合作的产品)。例如，I公司可能参与了与j公司的合资企业A，而我公司I也参加了与j公司和k公司的合资企业B，因此，公司i，j，k都有某种共同成员关系({i，j}，{i，j，k})，但公司{i，j}之间的协作强度比公司{i，k}作为公司i和j在更多的合资企业中的协作强度更强。

我会在这些标志性的网络图中看到这一点，但强调不同的团队(公司)之间的关系的强度。在我看来，一个相关的例子是Mark在“http://www.pnas.org/content/101/suppl_1/5200.full”(Newman 2004)中的合著研究(图6)。图6中的每一对节点(即作者)由不同厚度的边缘连接，表示每一对作者之间的合作强度强度(即两作者之间的协作作品数)，如下图所示：

​

我检查了一些以前的文章(如this one)，涉及R的purpose和二分包，但不认为二分网络及其应用符合我在这里的目的。

我想知道(1)是否有任何现有的R包/应用程序可以帮助可视化网络中每个节点之间的连接强度，(2)这类数据的结构应该是怎样的？(使用“”、“project”作为列或行？)

谢谢。

Answer 1

正如@R.B所指出的，您可以使用visNetwork库。使用虚拟数据的代码可能如下所示：

library(igraph)
library(visNetwork)

set.seed(98765)   # for reproducibility
### generate some data, 
### nodes are entitities: letters represent contributors
nodes <- data.frame(id = 1:11, 
                    label = LETTERS[1:11],  # name of node
                    title = LETTERS[1:11])  # optional tooltip
### edges represent relations 
edges <- data.frame(
  from = sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  to =  sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  arrows = "",
  width = c(rep(1, 20), rep(4, 20), rep(6,6), rep(10, 3), 15)  ## weights
)


visNetwork(nodes, edges, width = "100%") %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>%
  visNodes(size = 25) %>%
  visOptions(highlightNearest = list(enabled = F, hover = T) )

这将生成以下情节(html中的交互式)

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请告诉我这是否是你想要的。