用ggfortify和ggrepel进行pca

Question

我正在用varimax旋转进行主成分分析，并希望显示看起来足够简单的图，但是我的加载向量在某些地方非常接近，而且它们的标签往往是重叠的。这就是ggrepel为了分离阴唇而来的地方。我现在面临的难题是如何将两者联系起来。我使用了自动绘图，它自动添加所需的文本，这使得很难定义要排斥的文本。也许还有其他的方法去做这件事，我愿意接受建议。我有我的代码工作，但有重叠，我的一次尝试排斥下面的代码。

autoplot(prcomp(built.df9),
loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
Environment Indicators") +
geom_text_repel(aes(label = rownames(prcomp(built.df9))))

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autoplot(prcomp(built.df9),
loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
Environment Indicators")

Answer 1

您可以从loadings.label.repel=T包中使用ggfortify。

此示例仅对mtcars数据集使用相同的代码。

没有排斥标签的：

library(ggplot2)
library(ggfortify)

autoplot(prcomp(mtcars),
         loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
         loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red') +
  ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
          Environment Indicators") 

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带有排斥标签的：

autoplot(prcomp(mtcars),
         loadings = TRUE, loadings.colour = 'blue', loadings.label = TRUE, 
         loadings.label.size = 4, loading.label.color = 'red',loadings.label.repel=T) +
  ggtitle(label = "Principal Component Analysis and Varimax Rotation for Built 
          Environment Indicators") 

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Answer 2

您还没有提供任何数据来使此可重复使用，但是您可能对这个包ggbiplot有更多的运气。

library(ggbiplot)

data(mtcars)

standardised<-as.data.frame(scale(mtcars[2:ncol(mtcars)]))

mtcars.pca<-prcomp(standardised,retx=TRUE)

ggbiplot(mtcars.pca, obs.scale=1, var.scale=1,  ellipse=F, circle=F,labels.size = 4)

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