如何在“愤怒”中添加特定名称？

Question

我正在尝试将物种名称添加到rankabuncomp图中。我试图将specnames = T添加到rankabundance函数中，但得到了一个错误。请帮我解决这个问题。非常感谢。

library(vegan)
library(BiodiversityR)
data(dune.env)
data(dune)
RankAbun.1 <- rankabundance(dune)
RankAbun.1
rankabunplot(RankAbun.1,scale='abundance', addit=FALSE, specnames=c(1,2,3))
rankabuncomp(dune, y=dune.env, factor='Management', scale='proportion',   legend=FALSE)
#to add specnames
rankabuncomp(dune, y=dune.env, factor='Management', specnames=c(1,2,3), scale='proportion', legend=FALSE, labels=FALSE)

Answer 1

BiodiversityR::rankabuncomp明确禁止添加物种名称。这是在函数中硬编码的，如果不编辑函数(在specnames = NULL调用中查找rankabunplot() )，就不能更改它。“帮助”页面不向specnames提供rankabuncomp参数，因此也会对此进行记录。我能理解这个决定：rankabuncomp在一张图中画了几条线，而且它们通常是如此相似，以至于物种名称会相互覆盖，而图就变得不可读了。

要添加这些行，要么需要编辑函数，要么必须使用一系列rankabunplot命令在一个图中覆盖图形。下面是如何对dune数据执行此操作的示例：

library(BiodiversityR)
data(dune, dune.env)
## list of models
mods <- with(dune.env, lapply(levels(Management), function(lev)
    rankabundance(dune, dune.env, 'Management', lev)))
## level 4 seems to be most extreme: draw it first 
rankabunplot(mods[[4]],scale='abundance', addit=FALSE, specnames=c(1,2,3))
## add the rest
## change colour etc to separate the lines if wished
rankabunplot(mods[[3]],scale='abundance', addit=TRUE, specnames=c(1,2,3))
rankabunplot(mods[[2]],scale='abundance', addit=TRUE, specnames=c(1,2,3))
rankabunplot(mods[[1]],scale='abundance', addit=TRUE, specnames=c(1,2,3))

由此产生的情节不是很容易读懂。如果你使用y轴的比例缩放，它就变得更难读了.不过，你可以做到的。