NMDS显示和符号问题(素食者在r中)

Question

我成功地制作了NMDS图(monoMDS，bray，三维，局部模型).每一点代表动物和它们的饮食组成。

我有两个问题：

(1)如何更改点的符号，以显示NMDS图上1列(生命阶段)内的2级(a或j)？！

(2)如何显示三维NMDS，无法使三维组织功能在三维图形上工作。我应该用2D制作几个不同尺寸的情节吗？寻找有思想的想法。

所用的守则：

    plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points",
          xlim = c(-2.0, 2.0),las = 1, ylim = c(-1, 1), 
          xlab = "NMDS Axis 1", ylab = "NMDS Axis 2",mgp = c(3.25, 1, 0), 
          cex.lab = 1.35, cex.axis = 1.25)

    with(DATA, 
         points(BC.NMDS.length.corr, Class, draw = "points",col = "gray0", 
                show.groups = "Adult",label = TRUE, lty = 1, lwd = 2))

Answer 1

在包的默认示例中使用所需内容的示例：

     # Load library
       library(vegan)
     # Load data
       data(dune)
     # Compute the distance
       dis <- vegdist(dune)

指定是否需要三维图形，三维的表示形式

     # Run monoMDS
       m <- monoMDS(dis, model = "loc", k=3)

     # The 3D representation
       plot(m)
     # Load library for 3D representation
       library(scatterplot3d)

坐标在m$points中；每一列引用每个维度。

     # Graphical representation
       scatterplot3d(x=m$points[,1], y=m$points[,2], z=m$points[,3])

此外，如果您想根据某个因素对这些情节进行着色，您可以指定color=A，其中A是一个数字值，其中组被编码。