素食者: RDA的重要轴心

Question

我有一个植物学发布的数据框架：

• 行表示站点
• 列代表物种

我使用vegan函数rda(matrix ~ 1)在其上运行RDA。现在我有了排序summary(rda)$sites的轴，但是如何找出它们中的哪一个是重要的？

我的另一个问题是，如果我使用不同的排序方法，这些方法会不会有所不同？

谢谢大家的关注和关心。

Answer 1

就我个人而言，这是不可能的。然而，一些人已经提出了一些方法来找出不重要的轴数.其中一些是在素食github问题中讨论的。我个人的经验是，这些方法中有很多都工作得很糟糕:如果我生成的数据具有定义的维数+随机错误，那么方法就无法找到已知的轴数。不过，这些方法中有许多很容易实现(尽管我们还没有在纯素中实现它们)。见上文所链接的讨论。

您的标题询问有关PCoA，但您的示例使用RDA。然而，类似的方法也适用于这两种方法(或者，我认为两者都失败了)。