VMD中的默认表示/绘图方法

Question

在VMD中，我希望用绘图方法CPK加载每个新文件。由于一些技术原因，这在.vmdrc文件中似乎不是一个选项。

我如何通过VMD命令行(以便我可以创建一个脚本)来完成这个任务？或者是否有其他解决方案/解决方案/黑客来实现这一工作？

Answer 1

有几种方法可以实现您想要的目标：

(1)将以下一行放在.vmdrc的正确位置

    mol default style CPK

(2)使用VMD首选项面板(主窗口扩展菜单中的最后一项)生成满足您期望的.vmdrc文件。您要寻找的设置在“表示”选项卡中。

(3)对于更高级的设置(即适用于vmd读取启动.vmdrc文件时已经加载的分子的默认设置)，可以使用以下方法(对我来说适用于VMD 1.9.2)：

proc reset_viz {molid} {
  # operate only on existing molecules
  if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
    # delete all representations
    set numrep [molinfo $molid get numreps]
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
      mol delrep $i $molid
    }
    # add new representations
    mol representation CPK
    # add other representation stuff you want here
    mol addrep $molid
  } 
}

proc reset_viz_proxy {args} {
  foreach {fname molid rw} $args {}
  eval "after idle {reset_viz $molid}"
}

## put a trace on vmd_initialize_structure
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy

after idle {
  if { 1 } {
    foreach molid [molinfo list] {
      reset_viz $molid
    }
  }
}

这段代码是从这个Axel Kohlmeyer网站改编的。

HTH，

Answer 2

我找到了一个方便的解决办法。在.bashrc中添加：

vmda () {
    echo -e "
    mol default style CPK
    user add key Control-w quit
    " > /tmp/vmdstartup
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup
}

看一个结构

vmda file.pdb

并与其他窗口一样，使用Ctrl+w关闭窗口(退出应用程序)。