Snakemake:通配符列表中通配符的随机顺序

Question

在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因，变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。我使用该函数为我的规则之一的输入文件生成路径，当正确值的位置发生变化时，规则每一对查询只成功一次。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了Snakefile的相关内容。

谢谢你，祖普

#!/usr/bin/env python3
import glob
import re

R_BIN = "Rscript"

pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
chrom = "X Y".split()

def getInput(Wildcards):
    pop = str(Wildcards[0])
    group = str(Wildcards[1])
    chrom = str(Wildcards[2])
    path = "Resources/bed/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]_chr" + chrom + ".bed"
    return(glob.glob(path))

rule BED2BS:
    input:
        getInput
    output:
        wd + "Resources/bs/{pop}_{group}/{group}_chr{chrom}.RDS"
    shell:
        R_BIN + " Scripts/Script1.R {input} {output}"

Answer 1

中的通配符顺序不会被Snakemake保留(请注意，不同的输出和输入文件可以以不同的顺序使用相同的通配符。因此，无法从文件模式中通配符的出现派生出规范顺序)。但是，您可以按名称来寻址通配符值，例如：

wildcards.group

请考虑通过Snakemake教程。