编写一个图并保留顶点名

Question

我正在尝试创建一个图，然后用函数write.graph (package igraph)编写它。因此，我创建了距离矩阵。

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)

然后我显式地定义行名：

x <- c("dune1")
for (i in 1: 20){
  n <- paste("dune", i, sep="")
  x <- append(x, n)

}
rownames(dune) <- x

通过下面的过程，我通过最小生成树算法创建了一个无向图。

gg  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
gg_mst <- as.undirected(mst(gg))

在这一点上，我想用pajek来表示它。为了做到这一点，我使用了write.graph：

write.graph(gg_mst, "graph.net", format="pajek")

获得以下图表：

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名字不见了！

然而，如果我使用不同的格式使用相同的函数：

write.graph(gg_mst, "graph.txt", format="ncol")

我获得一个保存行名的文件：

dune1 dune3 0.448275862068966
dune2 dune3 0.341463414634146
dune2 dune10 0.294117647058824
dune3 dune4 0.270588235294118
...   ...   ...

这是一个与使用write.graph格式"pajek“有关的bug吗？

Answer 1

您需要分配顶点的id属性，这样才能在pajek查看器中显示顶点的名称，比如这个http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub%20/networks/pajek/default.htm或gephi。需要修改代码的几行代码，如下所示：

dis <- vegdist(dune)
x <- c()
for (i in 1: 20){
  n <- paste("dune", i, sep="")
  x <- append(x, n)  
}
gg  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
gg_mst <- as.undirected(mst(gg))
V(gg_mst)$id <- x # assign the ids
write.graph(gg_mst, "graph.net", format="pajek")

使用pajek开头正确显示顶点ids。

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