如何在‘ete3’树上给树叶着色？(Python 3)

Question

我刚开始使用ete3，它太棒了。

ete3 如何使用颜色字典对树对象的叶子着色？I创建"c":None是因为我不希望c出现。

我想有更好的控制树渲染，但我不知道具体如何做。

我看到了对象，但我认为这是针对实际节点的。看起来这个对象是我所需要的，但我不知道如何使用它。所有的例子正在添加标签。

# Build Tree
tree = ete3.Tree( "((a,b),c);" )
# Leaf mapping
D_leaf_color = {"a":"r", "b":"g","c":None}
# Set up style for circular tree
ts = ete3.TreeStyle()
ts.mode = "c"
# Draw Tree
tree.render("tree_test.png", dpi=300, w=500, tree_style=ts)

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我看了这个问题，但它非常混乱：如何用固定的颜色对树节点进行着色？

Answer 1

我会这样做：

from ete3 import Tree, TextFace, TreeStyle

# Build Tree
tree = Tree( "((a,b),c);" )
# Leaf mapping
D_leaf_color = {"a":"red", "b":"green"}
for node in tree.traverse():
    # Hide node circles
    node.img_style['size'] = 0
    if node.is_leaf():
        color = D_leaf_color.get(node.name, None)
        if color:
            name_face = TextFace(node.name, fgcolor=color, fsize=10)
            node.add_face(name_face, column=0, position='branch-right')
# Set up style for circular tree
ts = TreeStyle()
ts.mode = "c"
ts.scale = 10
# Disable the default tip names config
ts.show_leaf_name = False
ts.show_scale = False
# Draw Tree
tree.render("tree_test.png", dpi=300, w=500, tree_style=ts)

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