安装Circos:在Mac上安装GD模块的问题

Question

我想安装Circos。我在Circos网站上跟踪了使用说明。特别是，我检查了缺少的perl模块。我错过了其中几个：

missing            Font::TTF::Font
missing            GD
missing            GD::Polyline
missing            SVG
missing            Statistics::Basic
missing            Text::Format

所以我在Circos的网站上再次关注了有关在Mac上安装Perl模块的说明。具体来说，我跟踪了保罗·努因博客文章中的详细说明。Freetype和Fontconfig丢失了，我安装了它们。

现在，当我运行libgd-2.2.1的配置时，我得到了以下配置摘要：

Support for Zlib: yes
Support for PNG library: yes
Support for JPEG library: yes
Support for WebP library: no
Support for TIFF library: no
Support for Freetype 2.x library: yes
Support for Fontconfig library: yes
Support for Xpm library: no
Support for liq library: no
Support for pthreads: yes

对我来说已经足够好了。但是当我运行make时，我会发现错误：

clang: warning: argument unused during compilation: '-pthread'
ld: malformed 64-bit a.b.c.d.e version number: 4.20201
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libgd.la] Error 1
make[1]: *** [all] Error 2
make: *** [all-recursive] Error 1

因为它不起作用，我跟着关于堆栈溢出的建议跑了

brew安装gd

(我不得不通过以下方式更新brew

cd /usr/local/Library
git pull origin master

( 关于堆栈溢出的这个答案.)

但我发现了一个错误：

Error: You must `brew link libpng freetype` before gd can be installed

当我运行'brew链接libpng freetype‘时，我会得到另一个错误：

Linking /usr/local/Cellar/libpng/1.6.21... 
Error: Could not symlink bin/libpng-config
Target /usr/local/bin/libpng-config
already exists. You may want to remove it:
  rm '/usr/local/bin/libpng-config'

To force the link and overwrite all conflicting files:
  brew link --overwrite libpng

To list all files that would be deleted:
  brew link --overwrite --dry-run libpng

有什么办法能最终运行Circos吗？

提前感谢您的帮助！

Answer 1

最后，我通过更改/usr/local中的权限解决了这个问题：

sudo $(whoami) /usr/local

跟踪关于brew网页的建议。

一旦解决了这个问题，我就在Perl，正如保罗·努因的文章最后一步所描述的那样中安装了GD。