是否有可能在多个核(细分链)上运行带有JAGS的多个链

Question

例如，我想知道是否有可能将JAGS中的3条链细分到5或6个核上。这是我的代码：

  library(parallel)
  # There is no progression bar using parallel
           jags.parallel(data = d$data,
                         inits = d$inits,
                         parameters.to.save = d$params,
                         model.file = model.jags,
                         n.chains = 3,
                         n.thin = 10,
                         n.iter = 9000,
                         n.burnin = 3000,
                         working.directory = NULL,
                         n.cluster = 3) ## the number of cluster it’s taking

正如您所看到的，这是默认的，链的数量(在我的例子中是3)等于使用的核心数量。

1. 这如何影响MCMC取样的方式？
2. 在并行运行MCMC链时，是否存在与R一起使用的最佳核数？
3. 我发现，如果我有三条铁链，我就不能在三根铁芯下面。它给了我一个error：Error in res[[ch]] : subscript out of bounds。为什么？
4. 如果我增加核的数量，它需要更长的时间(作为一个比较，12核比3个核多7.2个时间)！不应该是相反的吗？
5. 如何在不删除迭代、刻录或添加细化(更多内核?更改RAM?)的情况下使脚本更快？

我的电脑有16个核，所以我在核数量上有灵活性(还有64 GB内存和3千兆赫英特尔Xeon E5处理器)。

Answer 1

不可能将3条链分裂成多个核心。当并行运行JAGS时，以下是实际发生的情况：

1. 对每个链进行指定的刻录。在您的示例中，三条链将运行模型3000步，而不是存储该信息。
2. 一旦每个链有适当的烧伤时间，你想要的样本数量从后面的分布是平分在每一个链。在您的示例中，每个链将运行采样器600个步骤((n.iter -n.thin)/n.chains)。

那么，让我们转到您的问题(# 1解释以上)。

1. 这个问题的答案将取决于你当时在那台计算机上还在做什么。你永远不想在你电脑的所有K核上运行它，因为它会占用你大部分的计算能力。我通常在K-1核上为更大的型号运行K-1链.对于简单的模型来说，这并不重要。
2. 您可以让多个链运行在较少的核心上，但是这样就放慢了速度，因为每个核心上的链都必须按顺序计算。相反，它不可能将更少的链转移到多个核上。如果您有x链，则不应该有> x cores。
3. 这是通过问题2和问题3回答的。更多的链应该增加计算，但是更多没有更多链的核心不会。
4. 如果不看你的模型，这真的是无法回答的。