doParallel封装中的前景

Question

我在for循环环境中使用函数"cop.theta“创建矩阵的代码。

Mat.corr <- matrix(0,6,5,byrow=F)
for (i in 1:6){
Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,SURV=survp[,i])
}

我在doParallel包中使用"foreach“编写了一个R代码，以获得与上面生成的代码类似的结果。我的代码如下

library(doParallel)
cl <- makeCluster(3) 
registerDoParallel(cl)
getDoParWorkers()
clusterExport(cl, list("QT","EXPR","cop.theta.i"))
clusterEvalQ(cl, library(copula))

foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F) %dopar%
Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,QT=survp[,i])

但我发现了这个错误

Error: unexpected '=' in "foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F)
%dopar%  Mat.corr[i,]="

我哪里出错了？

Answer 1

byrow = F旁边缺少一个")“，即

foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F)) %dopar%
  Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,QT=survp[,i])

应该修复此错误。但是，请注意，只要您并行运行循环，mat.corr[i,]=...循环中的foreach循环中的值就不会将cop.theta操作产生的值写入到这个特定行中--这只有在单核foreach中才有可能。这意味着，您必须使用.combine在foreach()中或在循环完成之后处理合并过程。这里有一个代码片段来澄清我的观点。

mat <- matrix(nrow = 3, ncol = 3)

### multi-core -----
foreach(i = 1:nrow(mat)) %dopar% {
  mat[i, ] <- matrix(rep(i, ncol(mat)), nrow = 1)
}

mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   NA   NA   NA
[2,]   NA   NA   NA
[3,]   NA   NA   NA


### single core -----
foreach(i = 1:nrow(mat)) %do% {
  mat[i, ] <- matrix(rep(i, ncol(mat)), nrow = 1)
}

mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    1    1
[2,]    2    2    2
[3,]    3    3    3

Answer 2

谢谢大家的评论。下面的代码实际上回答了我的问题。

foreach(i=1:6,.combine=rbind) %dopar%  cop.theta(index,EXPR,SURV=survp[,i])