在R中使用gstat或automap包时重复数据

Question

我试图用普通的克里格来预测动物将发生的数据，使用R中的gstat或automap软件包，基于预测变量，我有许多(超过100个)重复的坐标点，这些坐标点我不能扔掉，因为这些站多年来多次取样。每次我为普通克里格运行下面的代码时，我都会得到一个LDL错误，这是由于重复点造成的。有人知道如何在不丢弃数据的情况下解决这个问题吗？我已经尝试过自动程序包中的代码，该程序包应该对副本进行更正，但我无法做到这一点。谢谢你的帮助!

coordinates(fish) <- ~ LONGITUDE+LATITUDE
x.range <- range(fish@coords[,1])
y.range <- range(fish@coords[,2])
grd <- expand.grid(x=seq(from=x.range[1], to=x.range[2], by=3), y=seq(from=y.range[1], to=y.range[2], by=3))
coordinates(grd) <- ~ x+y
plot(grd, pch=16, cex=.5)
gridded(grd) <- TRUE

library(gstat)
zerodist(fish) ###146 duplicate points
v <- variogram(log(WATER_TEMP) ~1, fish, na.rm=TRUE)
plot(v)
vgm()
f <- vgm(1, "Sph", 300, 0.5)
print(f)
v.fit <- fit.variogram(v,f)
plot(v, model=v.fit) ####In fit.variogram(v, d) : Warning: singular model in variogram fit

krg <- krige(log(WATER_TEMP) ~ 1, fish, grd, v.fit) 
## [using ordinary kriging]
##"chfactor.c", line 131: singular matrix in function LDLfactor()Error in predict.gstat(g, newdata = newdata, block = block, nsim = nsim,: LDLfactor

##automap code for correcting for duplicates
fish.dup = rbind(fish, fish[1,]) # Create duplicate
coordinates(fish.dup) = ~LONGITUDE + LATITUDE 
kr = autoKrige(WATER_TEMP, fish.dup, grd)
###Error in inherits(formula, "SpatialPointsDataFrame"):object 'WATER_TEMP' not found
###somehow my predictor variables are no longer available when in a Spatial Points Data Frame??

Answer 1

对于重复的观察，automap有一个非常简单的修正，那就是丢弃它们。因此，automap并没有真正解决您的问题。我看到了一些选择：

• 扔掉重复的东西。
• 稍微扰乱副本的坐标，使它们不再位于完全相同的位置上。
• 使用时空克里格执行gstat。

关于你的具体问题，请使你的例子可重复性。我能猜到的是，rbind的fish对象并没有做你期望的事情.

Answer 2

automap::autoKrige期望一个公式作为第一个参数，尝试

kr = autoKrige(WATER_TEMP~1, fish.dup, grd)

Answer 3

或者，您可以使用函数jitterDupCoords of geoR包。https://cran.r-project.org/web/packages/geoR/geoR.pdf