使用nibabel合并多个MRI图像时复制标头

Question

我已经收到了一个fMRI会话的多个Nifti图像，其中每个卷扫描都被保存到一个3D-Nifti文件中。它们的名字是'foobar_001.nii'，…，'foobar_187.nii‘。我想合并这些，并编写了下面的for-循环这样做。

import numpy as np
import nibabel as ni

def merge_nii_files (sfile, ns):
    # This will load the first image for header information
    img = ni.load(sfile % (3, ns[0]))
    dshape = list(img.shape)
    dshape.append(len(ns))
    data = np.empty(dshape, dtype=img.get_data_dtype())

    header = img.header
    equal_header_test = True

    # Now load all the rest of the images
    for n, i in enumerate(ns):
        img = ni.load(sfile % (3,i))
        equal_header_test = equal_header_test and img.header == header
        data[...,n] = np.array(img.dataobj)

    imgs = ni.Nifti1Image(data, img.affine, header=header)
    if not equal_header_test:
        print("WARNING: Not all headers were equal!")
    return(imgs)

nii_files = "example_%0*d.nii"
images = merge_nii_files(nii_files, range(1,187))

正如您所看到的，我希望确保标头信息也被复制。我的问题是:这“header=header”真的够了吗？我是问因为imgs有一个4元组的形状，但我使用的标题来自一个三元组的形状。我不太熟悉nibabel的内部结构或Nifti文件格式。我错过了什么吗，也就是说，我还需要复制什么吗？

Answer 1

不，我什么都没错过。上面的方法很有效。