在VMD中将多个帧加载到psf文件中。

Question

如何在vmd中打开psf文件，然后仅使用行命令加载此psf文件的多个帧(dcd文件)？我有上百个dcd文件，我不想手动这样做。

Answer 1

我建议首先使用catdcd将dcd文件连接在一起。http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/

然后，您只需加载一个巨大的dcd文件与您的psf文件。

使用catdcd：catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd

Answer 2

你试过以下方法了吗？mol new yourfile.psf waitfor all mol addfile yourfile1.dcd waitfor all mol addfile yourfile2.dcd waitfor all ... mol addfile yourfileN.dcd waitfor all

如果您有数百个dcd文件，可以使用bash中的以下内容创建vmd命令列表：for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl

以及在vmd：mol new yourfile.psf waitfor all source your_vmd_script.tcl中打开psf之后的源代码

但是，请确保您正在加载的数据量不超过系统的内存，否则它将开始切换到磁盘并变得没有响应。