R: ggfortify：“不受自动绘图支持的prcomp类型的对象”

Question

我试图使用ggfortify来可视化我使用prcomp完成的PCA的结果。

样本代码：

iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))  

错误:自动绘图不支持prcomp类型的对象。请使用qplot()或ggplot()代替。

奇怪的是，自动绘图是专门为处理prcomp的结果而设计的，qplot不能处理这样的对象。我正在运行RV3.2，刚刚从github下载了ggfortify这个AM

有人能解释一下这个消息吗？

Answer 1

我猜您没有加载所需的库，下面的代码是：

library(devtools)
install_github('sinhrks/ggfortify')
library(ggfortify); library(ggplot2)
data(iris)
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))

行得通

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Answer 2

即使ggfortify简单易用，我也不鼓励它与标准ggplot2函数(例如警告replacing previous import ‘dplyr::vars’ by ‘ggplot2::vars’ when loading ‘ggfortify’)重叠使用。一个明智的解决办法是直接使用ggplot2。

在这里，我提出这两个版本及其结果。

# creating the PCA obj using iris data set
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
pca.obj <- prcomp(iris.pca)

# ggfortify way - w coloring
library(ggfortify)
autoplot(pca.obj) + theme_minimal()  


# ggplot2 way - w coloring
library(ggplot2)
dtp <- data.frame('Species' = iris$Species, pca.obj$x[,1:2]) # the first two componets are selected (NB: you can also select 3 for 3D plottings or 3+)
ggplot(data = dtp) + 
       geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, col = Species)) + 
       theme_minimal() 

注意:简单的ggplot2数据帧结构的着色要容易得多。

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