从ggfortify R包复制stats::biplot与ggplot2 2：：autoplot

Question

我试图用stats::biplot R包中的ggplot2::autoplot复制下面的ggfortify绘图。

biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE))

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下面是我来自ggfortify R包的ggfortify代码及其输出。

devtools::install_github("sinhrks/ggfortify")
 library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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问题

1. 为什么这两个情节不同？如何复制基本情节？
2. 如何添加基图中所示的标签？

Answer 1

谢谢你使用这个包裹。此问题取决于{dplyr}版本，并在{ggfortify}中修复。你能更新一下包裹然后再试一试吗？

我已经将修复后的结果附加到下面的链接：

https://github.com/sinhrks/ggfortify/pull/21

Answer 2

要在ggplot2中重新创建此图，只需从prcomp对象中提取所需的数据即可。在这种情况下，您将绘制原始数据以及可变的旋转加载，因此需要两个数据帧。

试试这个：

x <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
z1 <- data.frame(State = rownames(x$x), x$x[, 1:2])
z2 <- data.frame(State = rownames(x$rotation), x$rotation[, 1:2])

library(ggplot2)
ggplot(z1, aes(PC1, PC2, label=State)) + 
  geom_text(size=3) +
  geom_segment(data=z2, aes(PC1, PC2, xend=0, yend=0), col="red") +
  geom_text(data=z2, aes(PC1, PC2, label=State), col="red") +
  theme_bw()

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Answer 3

自动绘图模拟使用biplot.prcomp选项pc.biplot = TRUE获得的行为/缩放：

devtools::install_github("sinhrks/ggfortify")
 library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), pc.biplot = TRUE)

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然后，它产生加布里埃尔(1971)的“主成分双图”，其中观测值被sqrt(n)放大，变量被sqrt(n)缩小。变量之间的内积则近似协方差，观测之间的距离近似马氏距离。通常情况下，这是您想要的，也请参阅详细的扩展这里。

戈德也是制作双情节的一个很好的包，格比图也是。

PS:上面标记为正确的答案并不是我所相信的正确答案。