R包Bio3D教程复制

Question

我开始使用名为Bio3D (http://thegrantlab.org/bio3d/index.php)的R包，在复制“蛋白质结构网络与Bio3D”教程(http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks)中的示例时遇到了一个问题。下面是我想要做的片段：

“下面的代码片段首先为示例HIVpr启动结构(pdbfile)和轨迹数据(dcdfile)设置文件路径，然后读取这些文件(生成对象dcd和pdb)。

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")    
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")   

# Read MD data    
dcd <- read.dcd(dcdfile)   
pdb <- read.pdb(pdbfile)   

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")    
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,    
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)    

一旦我们有了叠加的轨道框架，我们就可以评估单个残余物的原子涨落(在这个很短的例子中模拟)相互关联的程度，并根据这些数据构建一个网络：

cij <- dccm(trj)    
net <- cna(cij)    
plot(net, pdb)   

“

在这一刻之前一切都很顺利。

# View the correlations in pymol    
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)     

在这里，我用pymol打开生成的pdb文件corr.inpcrd。但是，我看到的不是很好的卡通3D模型，而是由点代表的氨基酸残基。试图解决这个问题，用吡咯烷酮设置卡通，色带，颜色，透明度和命令显示，但它没有任何改变。非常感谢您的建议！

我没有足够的声誉来说明预期和取得的结果与图像，但可能我将能够直接发送他们如果必要。

谢谢!

Answer 1

通常，如果pymol处于可执行文件的路径中(请参阅此处：http://tinyurl.com/lzhpz3w，了解bio3d希望在哪里找到pymol和肌肉的更多信息)，这将有效。

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE) 

我本人并不使用windows，但是如果您将这个问题发布在bio3d bitbucket问题页面https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues上，您将得到经验丰富的windows bio3d用户的帮助，包括此函数的作者。

Answer 2

尝试在调用launch=TRUE ()函数时设置view.dccm，以便为您加载PDB和pymol脚本。