通过dendroPy向树添加新节点

Question

我希望通过向DendroPy中已经存在的树动态添加节点来创建树。所以我是这样进行的，

>>> t1 = dendropy.Tree(stream=StringIO("(8,3)"),schema="newick")

现在，这创建了一个小树，其中两个子树具有Taxon标签8和3。现在，我想要向带有taxon标签3的节点添加一个新的叶子。为了做到这一点，我需要节点对象。

>>> cp = t1.find_node_with_taxon_label('3')

我想在这一点上使用add子函数，这是一个节点的属性。

>>> n = dendropy.Node(taxon='5',label='5')  
>>> cp.add_child(n)

但是，即使在我在t1中打印所有节点对象时添加了该节点，它仍然返回它被初始化的唯一子节点8和3。请帮助我理解如何在树状树中添加节点。

现在，如果我们打印t1，我们就会看到树。但是即使在添加元素之后，我也找不到添加的对象。例如，如果我们做了一个

>>> cp1 = t1.find_node_with_taxon_label('5')

它不返回与5相关的对象。

Answer 1

要添加一个分类单元，您必须显式地创建它并将其添加到树中：

t1 = dendropy.Tree(stream=StringIO("(8,3)"),schema="newick")

# Explicitly create and add the taxon to the taxon set
taxon_1 = dendropy.Taxon(label="5")
t1.taxon_set.add_taxon(taxon_1)

# Create a new node and assign a taxon OBJECT to it (not a label)
n = dendropy.Node(taxon=taxon_1, label='5')

# Now this works
print t1.find_node_with_taxon_label("5")

关键是find_node_with_taxon_label在t1.taxon_set分类单元列表中搜索。