用SIFT分割断层

Question

当我尝试使用SIFT时，我试图解释为什么我会有一个分割错误。

我使用的是测试fasta文件，以及他们提供的替换文件。我正在使用swissport数据库，我可以成功地攻击我的系统。

下面是我尝试使用SIFT时得到的结果：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ bin/SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh test/lacI.fasta db/swissprot.fa test/lacI.subst 2.75
tail is lacI.fasta
query is /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.fasta.query
query length 360
entered read_psiblastuntillat
Segmentation fault
tell me i've entered
info_on_seqs
fawegwa
cannot open file /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.alignedfasta 
Output in /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.SIFTprediction

在过去的两个小时里，我一直试图找到一些处理错误的源代码，但是我没有成功。有没有人有过SIFT分段错误的经验，或者能够向我指出源代码，这样我就可以看到出了什么问题？

非常感谢。

Answer 1

你为什么要使用这样一个老版本的SIFT？我认为最新版本是5.2.1，您似乎在使用4.0.3b

我猜您使用的是与旧版本的SIFT不兼容的较新版本的Blast。

sift 5.2的发布说明说：

SIFT 5.2.0发布。代码已被更新以与较晚版本的BLAST兼容(在2.2.28+上进行了测试)

所以我建议要么使用新版本的SIFT，要么使用旧版本的blast，看看这是否能解决问题。