使用Intel MKL编译R3.1.1：--启用-R触发符号错误的未定义引用

Question

问题

为了使用特定的IDE (rstudio)，我需要用ICC/MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)编译R3.1.1和共享库(--启用-rstudio)，这样我就会遇到麻烦。

上下文

关于我的平台的一些信息：

OS: Ubuntu 14.04.1 LTS
Kernel: 3.13.0-30
Compiler: Intel ICC (Composer XE 2013 SP 1.3.174)
MKL: Intel MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)

我以前用ICC/MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)编译了R3.1.1(没有共享库)的工作安装程序如下：

$source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
$export CC="icc"
$export CXX="icpc"
$export AR="xiar"
$export LD="xild"
$export CFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export CXXFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export MKL="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"
$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" > log_cfg
$make > log_make_out 2> log_make_err
#make install

当我运行上面的命令时，编译是成功的，log_make_err在进程结束时是空的。

正如我在开始时所说的，我现在需要用共享库(--启用-R)编译R。因此，我尝试使用与以前完全相同的命令(同一台计算机)，并将配置行更改为：

$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" --enable-R-shlib

这提供了以下输出：

  R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local

  C compiler:                icc -std=gnu99  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              icpc  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  C++ 11 compiler:           icpc  -std=c++11 -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 90/95 compiler:    x86_64-linux-gnu-gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:        x86_64-linux-gnu-gcc 

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic), LAPACK(in blas), lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo
  Options enabled:           shared R library, R profiling

  Recommended packages:      yes

在本例中，编译不成功，log_make_err包含以下

ld: /tmp/ipo_iccUpPSPh.o: undefined reference to symbol '__kmpc_end@@VERSION'
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/compiler/lib/intel64/libiomp5.so: error adding symbols: DSO missing from command line
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[2]: *** [R] Error 2
make[1]: *** [R] Error 1
make: *** [R] Error 1

当我对每个情况下配置脚本的输出运行diff时，都不会出现什么奇怪的情况：

753c753
<   Options enabled:           R profiling
---
>   Options enabled:           shared R library, R profiling

我尝试包含make命令的全部输出，但它超过了允许的最大字符数，因此使用pastebin并不是一个好做法。

如果你觉得有信息缺失，请告诉我，这些信息可以帮助你把我引向正确的方向。

谢谢!

Answer 1

在脚本中添加以下内容为我解决了这个问题：

export MAIN_LDFLAGS='-openmp'

其他的一切都没变。

希望这对其他人有帮助。

Answer 2

我一直在针对MKL编译R，这是一个挑战。我还没有在ubuntu上做过这件事，但是从您的配置中可以看出以下四点：

1. 使用icc对mkl进行编译，通常必须在其中一个mkl目录中源一个shell脚本，以将一组环境变量设置为正确的动态库搜索路径。我看不出你要这么做？
2. 通过链接到libmkl_rt，可以使您的生活更加轻松。我的配置行(gcc的配置行)使用 -with-blas=“mkl_rt”- BLAS_LIBS="-lmkl_rt -liomp5 -lpthread“
3. 您试图使用编译器指令启用openmp，而不发送--启用--openmp来配置。
4. 您正在混合icc和gfortran，而不是为gfortran设置链接指令或库列表。MKL可能不会链接到gfortran，除非它重新编译--英特尔的一些文档说重新编译是必要的；我无法从他们那里得到一个直接的答案。使用您的指令的gfortran似乎不知道您希望它是多线程的，而且它可能不知道如何找到库。