R metaMDS排序距离

Question

我一直在做一些排序的数据集，我有丰富的物种在不同的取样点。我在素食中使用metaMDS()来做这件事。有了这个函数，您可以：

1. 直接输入社区数据(行中的站点和列中的物种)，并指定您希望使用的距离类型(如jaccard、brays curtis、欧几里德等)。这个函数调用vegdist()来完成这个任务。

另一方面，你可以

1. 给metaMDS一个您已经创建的距离矩阵，可能使用vegdist() (与metaMDS()函数分开)。

我感到困惑的是，如果我做第一个策略，我得到一个答案，当我做第二个(然后将距离矩阵放入metaMDS()函数)时，我得到一个完全不同的答案(非常不同的应力值，不同的排序坐标)。当我调用在第一种策略中创建的距离矩阵时，距离与从vegdist()函数得到的完全不同。我顺便读到，研究其他的东西，当metaMDS()调用vegdist()函数时，它是在多维空间中找到距离，而仅仅使用vegdist()是在一个一维中。

本质上，我的问题是metaMDS()是如何用vegdist()调用和计算距离的(它是在多维空间中进行的吗？)这与仅仅使用vegdist()本身有什么不同呢？希望在理解这些差异的过程中，我能够分辨出哪种方法是我的数据集的最佳和最合适的方法。

    mrja<-read.table("example.txt")
    jac<-vegdist(mrja,method="jaccard")
    head(jac)
[1] 0.7910448 0.8721461 0.7157360 0.9075908 0.9335038 0.9104478 ###first six distances
    
    ordjac1<-metaMDS(jac,k=2)
    ordjac1$stress
[1] 0.169781
    ordjac1

Call:
metaMDS(comm = jac, k = 2) 

global Multidimensional Scaling using monoMDS

Data:     jac 
Distance: jaccard 

Dimensions: 2 
Stress:     0.169781 
Stress type 1, weak ties
No convergent solutions - best solution after 20 tries
Scaling: centring, PC rotation 
Species: scores missing

    ordjac2<-metaMDS(mrja,k=2,distance="jaccard")
    ordjac2$stress
[1] 0.2367037
    
    head(ordjac2$dist)
[1] 5.259303e-06 2.812693e-05 1.879357e-02 1.216611e-01 3.913638e-02
[6] 7.444730e-02   ###first six distances

    ordjac2

Call:
metaMDS(comm = mrja, distance = "jaccard", k = 2) 

global Multidimensional Scaling using monoMDS

Data:     wisconsin(sqrt(mrja)) 
Distance: jaccard 

Dimensions: 2 
Stress:     0.2367037 
Stress type 1, weak ties
No convergent solutions - best solution after 20 tries
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘wisconsin(sqrt(mrja))’

Answer 1

没有足够的信息，但也许metaMDS执行了一些转换和标准化。在跟踪信息和打印输出中都可以看到这一点。例如，我们有

> metaMDS(varespec)
Square root transformation
Wisconsin double standardization
...
global Multidimensional Scaling using monoMDS

Data:     wisconsin(sqrt(varespec)) 
Distance: bray 

这告诉你，数据首先是斯夸鲁特变换，然后是威斯康星标准化。你看到这样的东西了吗？您可以通过在autotransform = FALSE调用中设置参数metaMDS()来关闭这些参数。你可以先向我们提供这些信息。