导入PyMC失败(从conda.binstar安装后未加载gfortran库)

Question

我在MacOS10.9.4 (Maverick)上运行Python2.7.8 :：Anaconda2.0.1 (x86_64)和conda 3.5.5

我通过运行PyMC安装了

conda install -c https://conda.binstar.org/pymc pymc

但是，import pymc给出了一个错误(我在最后复制了跟踪)。

Edit1:从阅读这个问题“无法导入名称传单”看，问题似乎是，通过使用anaconda安装PyMC，它是针对不同的gfortran构建的，而不是brew install gcc提供的。我很高兴卸载和再次尝试，但我希望有人会提供给我的指示，在我把事情搞砸更多！

Edit2:回溯告诉我，//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so试图调用不存在的/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.3.dylib。我认为直到最近，homebrew还自己安装了gfortran，因此在/usr/local/Cellar中会有一个文件夹。然而，现在，当gfortran被brew install gcc安装时，它在/usr/local/Cellar/gcc/4.8.3_1/bin中。帮助!

(旁白:由于错误提示了我从brew安装的gfortran编译器出现了问题，让我给出一些详细信息，尽管这可能与此无关。

我通过调用brew安装了gfortran

brew install gcc

它造成了一些错误，建议我连接gmp，mpfr，libmpc，isl和cloog。所以我做了

brew link gmp (和mpfr等)

以防万一，which gfortran给出

/usr/local/bin/gfortran

以下是import pymc的回溯

In [1]: import pymc
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-5f262cfcb99b> in <module>()
----> 1 import pymc

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/__init__.pyc in <module>()
     28 from .PyMCObjects import *
     29 from .InstantiationDecorators import *
---> 30 from .CommonDeterministics import *
     31 from .NumpyDeterministics import *
     32 from .distributions import *

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/CommonDeterministics.py in <module>()
     19 import inspect
     20 import types
---> 21 from .utils import safe_len, stukel_logit, stukel_invlogit, logit, invlogit, value, find_element
     22 from copy import copy
     23 import sys

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/utils.py in <module>()
     12 from copy import copy
     13 from .PyMCObjects import Variable
---> 14 from . import flib
     15 import pdb
     16 from numpy.linalg.linalg import LinAlgError

ImportError: dlopen(//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so, 2): Library not loaded: /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: //anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so
  Reason: image not found

Answer 1

这还远远不是一个完整的答案，但下面的工作是有效的，至少对从gfortran安装的brew install gcc编译器是这样的。它可能与不同的编译器一起工作，甚至根本没有编译器，所以尝试以这样的方式安装它：

conda install -c https://conda.binstar.org/tobeplugged pymc

另外，请检查PyMC开发人员Github页面第556期中的更新。

Answer 2

在试图安装pymc以处理python的虚拟部署时，我也遇到了类似的问题。我用两个步骤解决了这个问题。首先，我没有正确的gcc图书馆。我用自制软件解决了这个问题：

brew install gfortran

接下来，我之前安装的pymc试图链接到位于这里的fortran版本：

/4.9.1/libgfortran.3.dyli

默认情况下，当自制时将其放置在这里：

/4.9/libgfortran.3.dyli

所以我通过循环pymc部署来解决这个问题：

.../bin/pip uninstall pymc  
.../bin/pip install --upgrade pip
.../bin/pip install pymc

这种情况下，pip和pymc一起工作，以找到您最近安装的fortran库。希望这能有所帮助。

Answer 3

我在派对上迟到了，但这些步骤对我来说是在OS上作为一个自制用户而起作用的

要点是，对于pymc来说，构建它需要gfortran 4.2，这是由apple-gcc42 42包提供的。它只是构建时的一个依赖项，所以您可以在pip安装完成后撤销这些更改。

brew install python3
brew install apple-gcc42
brew unlink gcc
ln -sf /usr/local/bin/gfortran-4.2 /usr/local/bin/gfortran

#optional: create virtualenv
python3 -mvenv ~/venvs/my_venv
source ~/venvs/my_venv/bin/activate
#end optional

pip3 install numpy
pip3 install pymc

# restore gcc
rm /usr/local/bin/gfortran
brew link gcc