清理冗余文件

Question

我有一个管道，它在makefile的帮助下为我运行一些数据。这个管道创建了大量的冗余文件，我想要清理这些文件。

我有一个makefile来运行管道。而管道本身也连接到了许多其他的制造设备上。因此，我将此代码添加到管道chipcap.mk文件中：

.PHONY cleanintermediate    
cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.trimsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clip.fastq
        rm -rf $(SAMPLE).fastq
        rm -rf $(SAMPLE).wig && $(RM) -rf $(SAMPLE).wig.idx
        rm -rf $(SAMPLE).sam

现在，我像这个make -f run_samples.mk一样运行我的文件，这个脚本将调用管道并单独运行所有示例-- run_samples.mk提供给管道的命令是：

all: pool1_negCTRL pool1R2R1 pool1SP1 pool2Posctrl pool2R2R2 pool2Input

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5)
        #OPT_MACS14_control=control.bam

#Negative control sample
pool1_negCTRL:
        $(call getCommand,pool1,pool1_negCTRL_monday_test,pool1-negCTRL_S1_L001_R1_001.fastq.gz,15,30)

我如何对run_samples.mk说，也应该执行清洁中间体(在chipcap.mk中)。我一直很困惑，但找不到正确的方法去做。

Answer 1

cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)

在chipcap.mk中应该成为cleanintermediate: all

在runchipcap.mk中向getCommand添加清洁中间体

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5) cleanintermediate
        #OPT_MACS14_control=control.bam