应用中公式的使用

Question

我试图将一个简单的公式y~x应用于一个函数，在本例中，adonis {vegan}在mapply中使用，但我得到了错误:类型为‘符号’的对象不是可替换的。

Im and：mapply(adonis, formula=dist_list~group_list, data=group_list, SIMPLIFY=F)，其中dist_list是dist类中的距离矩阵列表，group_list是因素列表。对于单dist和因子对象，情况也是一样的。这也适用于：mapply(betadisper, d = dist_list, group = group_list, SIMPLIFY=FALSE)。

因此，问题似乎是在mapply中使用一个mapply。我一直在尝试使用substitute，但最后还是出现了同样的错误。

下面是提供一个可复制的示例的尝试：

data(varespec)

dis <- vegdist(varespec, method="bray")
dis1 <- vegdist(varespec,method="jaccard")
dis2 <- vegdist(varespec,method="mountford")

dist_list <- list(dis,dis1,dis2)

groups <- factor(c(rep(1,16), rep(2,8)), labels = c("grazed","ungrazed"))
groups1 <- factor(c(rep(1,10), rep(2,14)), labels = c("grazed","ungrazed"))
groups2 <- factor(c(rep(1,20), rep(2,4)), labels = c("grazed","ungrazed"))

group_list <- list(groups,groups1,groups2)

mapply(adonis, formula=dist_list~group_list, data=group_list, SIMPLIFY=F)

#Error: object of type 'symbol' is not subsettable

任何指针，以解决这个问题，将非常感谢，谢谢！

Answer 1

不过，这似乎很管用。

mapply(function(x,y) adonis(x~y), dist_list, group_list, SIMPLIFY=FALSE)

Answer 2

在使用MoreArgs时，需要使用mapply参数将附加参数传递给mapply。请参阅mapply文档。类似于(未经测试的)：

mapply(
  adonis, group_list=group_list, dist_list=dist_list, 
  MoreArgs=list(formula=dist_list~group_list), 
  SIMPLIFY=F
)

否则，mapply将尝试循环您的公式，因为它是一个列表/向量，这就是导致错误的原因。