如何在MATLAB中矢量化交集核函数？

Question

在MATLAB中使用LIBSVM，需要预先计算直方图交集核矩阵.

假设x，y是两个向量。核函数为K(x，y) =和(min(x，y))。为了提高效率，大多数情况下的最佳做法是将操作向量化。

我想要做的是计算核矩阵，比如计算两个矩阵之间的欧几里德距离，比如pdist2(A，B，‘欧几里得’)。在定义函数'intKernel‘之后，我可以通过调用pdist2(A，B，intKernel)来计算交叉内核。

我知道函数'pdist2‘可能是一个选项。但是我不知道怎么写自定义的距离函数。然而，我不知道如何在一个浓缩表达式中编码向量(1×-M)和矩阵(M-by-N)之间的交集核。

“爬虫垫”可能是不可行的，因为基质真的很大，比如说，20000乘360000。

任何帮助都将不胜感激。

你好，佩云

Answer 1

我认为pdist2是一个很好的选择，所以我帮助您定义您的距离函数。

根据doc，自定义距离函数必须有两个输入:第一个是1×N向量；第二个是M-by-N矩阵(注意顺序！)。

为了避免使用确实是内存消耗的repmat，您可以使用bsxfun对数据应用一些基本操作，并在单例维度上进行扩展。在您的情况下，您可以做以下事情：

distance_kernel = @(x,Y) sum(bsxfun(@min,x,Y),2);

对列进行求和，得到一个列向量作为输出。

然后打电话给pdist2，你就完蛋了。