ggplot2和ggplot2绘制节点叶子下的颜色条

Question

目前，我正在使用ggplot2和ggdendro绘制树状图。然而，现在我需要在叶子下绘制一个离散变量以及标签。

例如，在一份出版物(Zhang等人，2006年)中，我看到了这样的树状图(注意树叶标签下的第四色栏)：

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我感兴趣的是使用我已经绑定的数据，对binned + ggplot2进行同样的处理。这个是可能的吗？

Answer 1

首先，您需要为颜色栏制作数据格式。例如，我使用USArrests创建的数据集群和hclust()函数，并保存了对象。然后利用该聚类对象，利用函数cutree()将其划分为簇，并将其保存为列簇。列states包含聚类对象hc的标签，该对象的级别与hc的输出排序相同。

library(ggdendro)
library(ggplot2)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
df2<-data.frame(cluster=cutree(hc,6),states=factor(hc$labels,levels=hc$labels[hc$order]))
head(df2)
           cluster     states
Alabama          1    Alabama
Alaska           1     Alaska
Arizona          1    Arizona
Arkansas         2   Arkansas
California       1 California
Colorado         2   Colorado

现在，将两幅图保存为对象--树状图和彩色条，它们是用geom_tile()生成的，使用states作为x值和颜色的cluster编号。格式化是用来删除所有轴的。

p1<-ggdendrogram(hc, rotate=FALSE)


p2<-ggplot(df2,aes(states,y=1,fill=factor(cluster)))+geom_tile()+
  scale_y_continuous(expand=c(0,0))+
  theme(axis.title=element_blank(),
        axis.ticks=element_blank(),
        axis.text=element_blank(),
        legend.position="none")

现在，您可以使用@ this question的答案来对这两个情节。

library(gridExtra)

gp1<-ggplotGrob(p1)
gp2<-ggplotGrob(p2)  

maxWidth = grid::unit.pmax(gp1$widths[2:5], gp2$widths[2:5])
gp1$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gp2$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)

grid.arrange(gp1, gp2, ncol=1,heights=c(4/5,1/5))

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