当指定燃耗和细化时，JAGS/BUGS保存了多少次迭代？

Question

我有一个关于在JAGS和BUGS中运行模型的细节的快速问题。

假设我使用n.burnin=5000、n.iter=5000和thin=2运行一个模型。这是否意味着该方案将：

1. 运行5,000次迭代，并丢弃结果；然后
2. 再运行10,000个迭代，只保留每秒钟的结果？

如果我将这些模拟保存为CODA对象，是否全部保存了10,000,000，还是只保存了稀释的5,000？我只是想弄清楚哪一组迭代是用来绘制ACF图的？

Answer 1

有了贾格斯，n.burnin=5000, n.iter=5000 and thin=2，就意味着你一无所有。运行5000，丢弃这5000中的前5000，然后只保留链剩余值的一半(保存1值，丢弃下一个值.)。

例如，使用n.burnin=2000, n.iter=7000, thin=50, n.chains=5：所以您有(700-2000)/50*5=500个值。

Answer 2

你能说得更具体些吗?你说的是哪个软件？看起来，您所引用的是R2WinBUGS包中函数bug()的参数(除了这个参数称为n.thin而不是thin)。看看帮助(Bug)，它只是说n.burnin是“一开始要丢弃的迭代次数”。这并没有具体回答您的问题，但是查看包中bugs.script()的源代码就会告诉我，它将运行5000次迭代，正如您所怀疑的那样。您可以向该包的维护人员发送建议，以澄清他们的文档。

在您的示例中，bug()将在刻录之后再运行0次迭代。这里的文档更清晰-- n.iter是包括刻录在内的总迭代次数。

对于第二个问题，来自WinBUGS的CODA输出(以及任何调用WinBUGS或OpenBUGS的软件)将只包含细化的示例。