RDA RDA并不是所有的约束级别都显示在triplot中。

Question

在我的RDA三角图中，我想展示“站点”、“物种”和它们的约束条件，在我的例子中，它们是Field和Trt。问题是，并不是所有级别的约束都显示在绘图中。每个因素有两个层次。

我的RDA代码是：

Dummy.rda <- rda(species.rda ~ Field + Trt,RDA.env, scale=TRUE)

summary(Dummy.rda, scaling=3)  #Here I see only one level of each reported in:Biplot scores for constraining variables. However all levels appear in: Centroids for factor constraints

anova.cca(Dummy.rda, step=100, by='margin') # degrees of freedom are correct for both factors (df=1)

plot(Dummy.rda, scaling = 3) #This displays all levels of Field and Trt but only one of each has an arrow

plot(Dummy.rda, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims, 
       scaling = 3)
text(Dummy.rda, scaling = 3, display = "bp")  # I want to customize the RDA plot, but this 'text' only displays 1 level of each of Field and Trt.

Answer 1

缺少的级别是因为您试图将因素变量视为连续变量，严格地说，它们不应该显示为双图箭头。不管怎么说，就像在对虚拟变量的回归中一样，由于模型矩阵中的其余水平与虚拟变量呈线性依赖，所以不能包含因子的一个级别。考虑一下这个例子：

require("vegan")
data(dune)
data(dune.env)

mod <- rda(dune ~ Management, data = dune.env)

> model.matrix(mod)
   ManagementHF ManagementNM ManagementSF
2             0            0            0
13            0            0            1
4             0            0            1
16            0            0            1
6             1            0            0
1             0            0            1
8             1            0            0
5             1            0            0
....<truncated>

您在model.matrix()输出中看到的是进入排序的变量。注意，模型矩阵中有三个变量，但Management因子中有四个级别：

> with(dune.env, levels(Management))
[1] "BF" "HF" "NM" "SF"

R中的惯例是使用因子的第一级作为参考级别。在一个回归，这将包括在拦截，但我们没有其中一个在RDA。注意，在model.matrix()输出的第一行中，所有值都是0；这表明该行位于BF管理组中。但是，由于只有三个变量进入了模型本身，我们只能用三个双图箭头来表示它们--这就是数学的工作方式。

我们所能做的是绘制组质心图，这就是您所引用的summary()输出中所显示的，并且可以使用scores()提取该输出。

> scores(mod, display = "cn")
                   RDA1       RDA2
ManagementBF -1.2321245  1.9945903
ManagementHF -1.1847246  0.7128810
ManagementNM  2.1149031  0.4258579
ManagementSF -0.5115703 -2.0172205
attr(,"const")
[1] 6.322924

因此，要将质心添加到现有的地块中，请执行以下操作：

text(mod, scaling = 3, display = "cn")

无论您做什么，都不能为引用组添加一个双图箭头。

我希望这能解释你所看到的行为？