在gen列表中查找SNP的位置

Question

我有SNP数据和数据。我正在寻找的立场，SNP在将军名单的数据，当我比较的基因列表。例如：

1. SNP数据：

Pos_start pos_end 14185 14185 ..。.

• 的gen列表数据：

5“侧(Pos_start)3”无柄(Pos_end)1 1527 1920 1777 ..

• 的结果:在SNP的14185位置包含在gen list.

的16185位置。

下面是我的代码，但它在编号排序上有一些问题。

   #!/usr/bin/perl -w

   open(POS1,"<posi1.txt"); (I collect two data and save with posi1.txt) 
    @posi1=<POS1>;
   open(list,">list.txt");
   @list1=@posi1;
   @list2= sort num_last (@list1);
   $list2 = join( '', @list2);

   print $list2;
   print list $list2."\n\n";
   close(list);
  sub num_last {
my ($num_a, $num_b);
$num_a=$a=~ /＾[0-9]/;
$num_b=$b=~ /＾[0-9]/;
if ($num_a && $num_b){
    return $a<=>$b;
} elsif ($num_a){
    return 1;
} elsif ($num_b){
    return -1;
} else {
    return $a cmp $b;
}
      }

如果你能给我指点，我会很感激的。

Answer 1

首先，排序子不对传递的值进行操作。应该有点像

sub num_last {
    my ($num_a, $num_b);
    my ($a,$b) = @_;
    ....
}

如果字符串是从数字开始的，那么实际上只能在字符串中获得第一个数字。最好添加跳过所有领先的空白空间，以防万一。

($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/;
($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/;

\d+相当于[0-9]+，但两个字符更短:)。大括号强制list context so，$num_a和$num_b接收第一个匹配组的内容：(\d+)。

您不需要<=>操作器，因为$num_a和$num_b应该是字符串，因此可以将条件简化为：

if (!$num_a)
    return -1;
if (!$num_b)   
    return 1;
return $a cmp $b;

不确定，但它可能和return $a cmp $b一样简单，但我不确定空变量是否比非空字符串要小，而且指尖上没有perl。因此，最后的num_last函数：

sub num_last{
    my ($num_a, $num_b);
    my ($a,$b) = @_;

    ($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/;
    ($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/;

    if (!$num_a)
        return -1;
    if (!$num_b)   
        return 1;
    return $a cmp $b;
}

如果需要反向排序，只需将my ($a,$b) = @_;替换为my ($b,$a) = @_;即可。

而且，我在没有任何编译器帮助的情况下编写了它，所以其中可能有一些小错误。