如何创建FASTQ序列文件？

Question

我有一个基因组数据库，其中包含一个简单的字符序列(如>chr1 AGTGTCA.....)。现在，我想将它转换为如下所示的标准FASTQ格式：

@HWUSI-EAS594-R:1:3:1453:1350#0/1 
CCCAGTTCCGACGATCGATTTGCACGTCAGAATCGCTACGGACCTCCATCAGGGTTTCCCCTGACTTCGTCCTGACCAGG
+   
ea^cdfdffgggggggggggeggggdggdffgdbdgddgggg`g^dfbfgdggcfbgfffcb]gffbfcfcefbbBBBB

由于我对这种格式没有明确的概念，所以我无法转换它。如何将简单的字符序列转换为FASTQ格式(如上面的示例所示)？

具体而言，我要求：

1. 是否有任何现有代码来执行编码？
2. 如果没有，我如何在FASTQ中编码字符序列？这种格式意味着什么?我如何创建它？

Answer 1

因为您只有序列，而没有序列派生的质量(可靠性)分数，所以我认为没有足够的信息来构造FASTQ文件。(不过，我不是生物信息学专家。)相反，您可能应该继续使用FASTA文件格式，它只包含序列信息。