参数用于使用qsub启动的shell脚本。

Question

如何将网格上执行的shell脚本参数化(从qsub开始)？我有一个shell脚本，其中我使用getopts读取参数。

当我开始(qsub script.sh -r firstparam -s secondparam .)这个具有qsub I的工作脚本接收错误消息，

qsub:无效选项-- s qsub:非法-r值

正如qsub所认为的那样，参数是针对自身的。然而，我没有找到任何解决办法。

谢谢

Answer 1

我刚刚想出了解决这个问题的方法:只需打印带有echo的shell脚本的命令，并将结果传输到qsub：

echo "./script.sh var1=13 var2=24" | qsub

Answer 2

使用qsub -v选项是正确的方法：

qsub -v par_name=par_value[,par_name=par_value...] script.sh

par_name可以用作shell脚本中的变量。

Answer 3

除了volk的答案之外，为了引用列表中的变量(由-v指定)，只需使用调用中定义的名称。那么，假设您给qsub打了一个电话，如下所示

qsub -v foo='qux' myRunScript.sh

那么myRunScript.sh看起来可能是这样的：

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16,walltime=0:00:59
#PBS -l mem=62000mb
#PBS -m abe

bar=${foo}
echo "${bar}"

输出将在哪里

qux

希望这能有所帮助！