例外情况:错误:未识别的固定样式‘握手’是刚性包的一部分，而在此LAM中没有启用。

Question

我试图在一个LAMMPS环境中运行一个Colab脚本。但是，每当我尝试使用带有来自fix包的参数的RIGID命令时，控制台都会给出相同的错误。

我测试了不同的安装和构建方法，例如通过apt存储库和CMAKE。

Method 1

    !add-apt-repository -y ppa:gladky-anton/lammps
    !add-apt-repository -y ppa:openkim/latest
    !apt update
    !apt install -y lammps-stable

Method 2

    !apt install -y cmake build-essential git ccache
    !rm -rf lammps
    !git clone -b release https://github.com/lammps/lammps.git mylammps

    !rm -rf build
    !mkdir build
    !apt install -y fftw3
    !cd build; cmake ../mylammps/cmake/presets/most.cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr \
    -D CMAKE_CXX_COMPILER_LAUNCHER=ccache -D BUILD_SHARED_LIBS=on\
    -D PKG_GPU=on -D GPU_API=cuda -D LAMMPS_EXCEPTIONS=on -D PKG_BODY=on\
    -D PKG_KSPACE=on -D PKG_MOLECULE=on -D PKG_MANYBODY=on -D PKG_ASPHERE=on\
    -D PKG_EXTRA-MOLECULE=on -D PKG_KSPACE=on -D PKG_CG-DNA=on -D PKG_ATC=on\
    -D PKG_ EXTRA-FIX=on -D PKG_FIX=on\
    -D PKG_RIGID=on -D PKG_POEMS=on -D PKG_MACHDYN=on -D PKG_DPD-SMOOTH=on\
    -D PKG_PYTHON=on ../mylammps/cmake
    !cd build; make -j 2
    !cd build; make install; make install-python

我还通过使用external script方法调用file()并使用command()方法将命令写入LAMMPS来测试它。

我的code在python脚本中返回错误的部分是：

    !pip install --user mpi4py
    #!pip install lammps-cython

    from mpi4py import MPI
    from lammps import lammps
    #from lammps import PyLammps
    #from lammps import Lammps
    import glob
    from google.colab import files
    from google.colab import drive
    L = lammps()

..。

    L.command("fix            freeze teflon setforce 0.0 0.0 0.0")
    L.command("fix            fSHAKE water shake 0.0001 10 0 b 1 a 1")
    L.command("fix            fRIGID RIG rigid molecule")

或LAMMPS脚本中名为：

    #Using an external script
    !pip install --user mpi4py
    #!pip install lammps-cython

    from mpi4py import MPI
    from lammps import lammps
    #from lammps import PyLammps
    #from lammps import Lammps
    import glob
    from google.colab import files
    from google.colab import drive
    L = lammps()

..。

    L.file(input[0])
    me = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
    nprocs = MPI.COMM_WORLD.Get_size()
    print("Proc %d out of %d procs has" % (me,nprocs),L)
    MPI.Finalize()

输出错误是：

    ---------------------------------------------------------------------------
    Exception                                 Traceback (most recent call last)
    <ipython-input-60-a968719e9bc6> in <module>()
          1 L = lammps()
    ----> 2 L.file(input[0])
          3 me = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()
          4 nprocs = MPI.COMM_WORLD.Get_size()
          5 print("Proc %d out of %d procs has" % (me,nprocs),L)
    
    1 frames
    /usr/local/lib/python3.7/site-packages/lammps/core.py in file(self, path)
        559 
        560     with ExceptionCheck(self):
    --> 561       self.lib.lammps_file(self.lmp, path)
        562 
        563   # -------------------------------------------------------------------------
    
    /usr/local/lib/python3.7/site-packages/lammps/core.py in __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback)
         47   def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback):
         48     if self.lmp.has_exceptions and self.lmp.lib.lammps_has_error(self.lmp.lmp):
    ---> 49       raise self.lmp._lammps_exception
         50 
         51 # -------------------------------------------------------------------------
    
    Exception: ERROR: Unrecognized fix style 'shake' is part of the RIGID package which is not enabled in this LAM

我能做什么有什么建议吗？

Answer 1

您需要启用严格的包。为了在LAMMPS特性上具有更好的灵活性，最好从源代码构建它：

下载最新的稳定版本，并将目录更改为该版本

git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git mylammps
cd mylammps/src

包括您需要的所有包，显然您需要严格使用固定抖动。

make yes-rigid 

现在，您需要使用MPI构建并共享它的库。这可能需要一段时间，您可以添加‘- in’标志与N核并行，我用8来做它。

make mpi mode=shlib -j 8      

最后安装Pylammps

make install-python

现在您应该能够通过Colab成功地使用PyLammps了。